Authors: Oliveira H R, Cant J P, Brito L F, Feitosa F L B, Chud T C S, Fonseca P A S, Jamrozik J, Silva F F, Lourenco D A L, Schenkel F S
(Contact: holivier@uoguelph.ca ) Affiliation: Centre for Genetic Improvement of Livestock (CGIL), Department of Animal Biosciences, University of Guelph, Guelph, Ontario, N1G 2W1, Canada Title: Genome-wide association for milk production traits and somatic cell score in different lactation stages of Ayrshire, Holstein, and Jersey dairy cattle Journal: Journal Of Dairy Science, 102(9): 8159-8174 (2019)
DOI :
S0022-0302(19)30600-9 Links:
PubMed | Abstract
| Copy data link
( Related study: none )
Click on each trait to browse further along the related trait ontology tree
Click on each chromosome number to find the detailed QTL information on that chromosome
Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Milk fat yield
Chr.1 : QTL:178088 , QTL:178089 , QTL:178285 , QTL:178550 , QTL:178551 . Chr.2 : QTL:177940 , QTL:178150 , QTL:178151 , QTL:178209 , QTL:178286 , QTL:178375 . Chr.3 : QTL:178090 , QTL:178210 , QTL:178376 , QTL:178377 , QTL:178378 , QTL:178379 , QTL:178552 . Chr.4 : QTL:178091 , QTL:178211 , QTL:178380 , QTL:178381 . Chr.5 : QTL:177661 , QTL:177799 , QTL:177842 , QTL:177910 , QTL:177941 , QTL:177970 , QTL:178092 , QTL:178212 , QTL:178287 , QTL:178469 , QTL:178470 . Chr.6 : QTL:177971 , QTL:178152 , QTL:178213 , QTL:178214 , QTL:178288 , QTL:178289 , QTL:178471 . Chr.7 : QTL:177794 , QTL:177823 , QTL:177874 , QTL:177911 , QTL:177942 , QTL:178006 , QTL:178052 , QTL:178053 , QTL:178093 , QTL:178094 , QTL:178153 , QTL:178154 , QTL:178215 , QTL:178216 , QTL:178217 , QTL:178290 , QTL:178291 , QTL:178382 , QTL:178383 , QTL:178384 , QTL:178553 . Chr.8 : QTL:178007 , QTL:178095 , QTL:178155 , QTL:178156 , QTL:178554 . Chr.10 : QTL:177628 , QTL:177633 , QTL:177654 , QTL:177697 , QTL:177824 , QTL:177843 , QTL:177943 , QTL:178008 , QTL:178054 , QTL:178096 , QTL:178157 , QTL:178158 , QTL:178218 , QTL:178385 , QTL:178386 , QTL:178472 , QTL:178473 , QTL:178474 , QTL:178475 , QTL:178555 , QTL:178556 . Chr.11 : QTL:178097 , QTL:178159 , QTL:178160 , QTL:178161 , QTL:178219 , QTL:178292 , QTL:178293 , QTL:178294 , QTL:178476 , QTL:178477 . Chr.12 : QTL:177781 , QTL:177800 , QTL:177801 , QTL:177875 , QTL:177944 , QTL:178162 , QTL:178478 . Chr.13 : QTL:177802 , QTL:177844 , QTL:178098 , QTL:178163 , QTL:178220 , QTL:178295 , QTL:178296 , QTL:178479 , QTL:178480 . Chr.14 : QTL:177604 , QTL:177605 , QTL:177606 , QTL:177609 , QTL:177611 , QTL:177612 , QTL:177613 , QTL:177616 , QTL:177617 , QTL:177639 , QTL:177640 , QTL:177643 , QTL:177644 , QTL:177647 , QTL:177713 , QTL:177743 , QTL:177749 , QTL:177750 , QTL:177765 , QTL:177782 , QTL:177803 , QTL:177912 , QTL:177945 , QTL:178099 , QTL:178221 , QTL:178557 . Chr.15 : QTL:177804 , QTL:177825 , QTL:177845 , QTL:177913 , QTL:177914 , QTL:177946 , QTL:177972 , QTL:178164 , QTL:178165 , QTL:178222 , QTL:178297 , QTL:178298 , QTL:178299 , QTL:178387 , QTL:178481 , QTL:178558 . Chr.16 : QTL:177915 , QTL:177973 , QTL:178482 , QTL:178483 . Chr.17 : QTL:178100 , QTL:178166 , QTL:178484 , QTL:178559 . Chr.18 : QTL:178485 . Chr.19 : QTL:178055 , QTL:178056 , QTL:178101 , QTL:178223 , QTL:178300 , QTL:178388 , QTL:178486 . Chr.20 : QTL:177974 , QTL:178224 , QTL:178560 . Chr.21 : QTL:178301 , QTL:178302 , QTL:178303 , QTL:178561 . Chr.23 : QTL:178167 . Chr.24 : QTL:178102 , QTL:178103 , QTL:178168 , QTL:178169 , QTL:178225 , QTL:178487 , QTL:178488 , QTL:178489 , QTL:178562 . Chr.25 : QTL:177670 , QTL:177714 , QTL:177766 , QTL:177826 , QTL:177846 , QTL:177947 , QTL:177948 , QTL:177975 , QTL:178009 , QTL:178490 . Chr.26 : QTL:177698 , QTL:177744 , QTL:177767 , QTL:177805 , QTL:177827 , QTL:177976 , QTL:177977 , QTL:178010 , QTL:178304 , QTL:178305 , QTL:178389 , QTL:178563 , QTL:178564 . Chr.28 : QTL:178390 , QTL:178491 .
QTL for Milk yield
Chr.1 : QTL:177982 , QTL:178067 , QTL:178117 , QTL:178326 , QTL:178327 , QTL:178328 , QTL:178512 , QTL:178513 , QTL:178514 , QTL:178578 . Chr.2 : QTL:177983 , QTL:177984 , QTL:178241 , QTL:178410 , QTL:178411 , QTL:178515 . Chr.3 : QTL:177952 , QTL:178412 , QTL:178413 , QTL:178579 . Chr.5 : QTL:177718 , QTL:177747 , QTL:177784 , QTL:177785 , QTL:177809 , QTL:177810 , QTL:177832 , QTL:177833 , QTL:177985 , QTL:178021 , QTL:178068 , QTL:178179 , QTL:178242 , QTL:178329 , QTL:178330 , QTL:178414 , QTL:178516 , QTL:178517 , QTL:178518 , QTL:178519 , QTL:178580 , QTL:178581 . Chr.6 : QTL:177752 , QTL:177854 , QTL:178331 . Chr.7 : QTL:178022 , QTL:178180 , QTL:178243 , QTL:178415 . Chr.8 : QTL:178069 , QTL:178070 , QTL:178181 , QTL:178182 , QTL:178332 , QTL:178333 , QTL:178334 , QTL:178335 , QTL:178416 , QTL:178417 , QTL:178520 , QTL:178582 . Chr.9 : QTL:177811 , QTL:178521 . Chr.10 : QTL:177672 , QTL:177719 , QTL:177748 , QTL:177812 , QTL:177834 , QTL:177925 , QTL:178023 , QTL:178071 , QTL:178118 , QTL:178119 , QTL:178183 , QTL:178336 , QTL:178418 , QTL:178419 , QTL:178420 , QTL:178421 , QTL:178583 . Chr.11 : QTL:177648 , QTL:177720 , QTL:177733 , QTL:177753 , QTL:177835 , QTL:177836 , QTL:177884 , QTL:177926 , QTL:178024 , QTL:178025 , QTL:178026 , QTL:178184 , QTL:178185 , QTL:178186 , QTL:178244 , QTL:178245 , QTL:178246 , QTL:178247 , QTL:178248 , QTL:178249 , QTL:178337 , QTL:178338 , QTL:178422 , QTL:178423 , QTL:178424 , QTL:178522 . Chr.12 : QTL:177837 , QTL:177855 , QTL:177986 , QTL:178187 , QTL:178339 . Chr.13 : QTL:177734 , QTL:177927 , QTL:178027 , QTL:178120 , QTL:178121 , QTL:178188 , QTL:178189 , QTL:178340 , QTL:178341 , QTL:178342 , QTL:178523 , QTL:178524 . Chr.14 : QTL:177607 , QTL:177608 , QTL:177610 , QTL:177614 , QTL:177615 , QTL:177618 , QTL:177619 , QTL:177620 , QTL:177621 , QTL:177629 , QTL:177632 , QTL:177638 , QTL:177645 , QTL:177666 , QTL:177708 , QTL:177885 . Chr.15 : QTL:178343 , QTL:178525 . Chr.16 : QTL:177856 , QTL:177953 , QTL:177954 , QTL:177987 , QTL:178122 , QTL:178250 , QTL:178344 , QTL:178425 , QTL:178526 , QTL:178527 . Chr.17 : QTL:178123 , QTL:178251 , QTL:178426 . Chr.18 : QTL:177786 , QTL:177813 , QTL:177857 , QTL:177858 , QTL:177886 , QTL:177887 , QTL:177955 , QTL:177988 , QTL:178028 , QTL:178124 , QTL:178190 , QTL:178252 , QTL:178253 , QTL:178345 , QTL:178346 , QTL:178427 , QTL:178584 . Chr.19 : QTL:177956 , QTL:178072 , QTL:178254 , QTL:178428 , QTL:178528 , QTL:178529 . Chr.20 : QTL:177659 , QTL:177676 , QTL:177721 , QTL:177754 , QTL:177787 , QTL:177788 , QTL:177814 , QTL:177888 , QTL:177889 , QTL:177928 , QTL:177929 , QTL:177957 , QTL:178029 , QTL:178191 , QTL:178255 , QTL:178347 , QTL:178348 , QTL:178429 , QTL:178530 , QTL:178531 , QTL:178532 , QTL:178585 . Chr.22 : QTL:178073 , QTL:178349 , QTL:178430 , QTL:178431 , QTL:178586 . Chr.23 : QTL:178030 , QTL:178192 , QTL:178256 . Chr.25 : QTL:178257 , QTL:178533 . Chr.26 : QTL:177646 , QTL:177649 , QTL:177677 , QTL:177678 , QTL:177709 , QTL:177722 , QTL:178031 , QTL:178074 , QTL:178258 , QTL:178432 . Chr.27 : QTL:178032 , QTL:178534 . Chr.28 : QTL:177930 , QTL:177989 , QTL:178193 , QTL:178433 , QTL:178434 , QTL:178535 , QTL:178587 , QTL:178588 . Chr.29 : QTL:177890 , QTL:177990 , QTL:178075 , QTL:178076 , QTL:178259 , QTL:178260 , QTL:178435 , QTL:178536 , QTL:178589 .
QTL for Milk protein yield
Chr.1 : QTL:178226 , QTL:178492 . Chr.2 : QTL:178057 , QTL:178104 , QTL:178105 , QTL:178170 , QTL:178493 , QTL:178494 . Chr.3 : QTL:177828 , QTL:177876 , QTL:177877 , QTL:177916 , QTL:177978 , QTL:178227 , QTL:178306 , QTL:178391 . Chr.5 : QTL:177653 , QTL:177705 , QTL:177715 , QTL:177716 , QTL:177768 , QTL:177829 , QTL:177979 , QTL:177980 , QTL:178058 , QTL:178059 , QTL:178106 , QTL:178107 , QTL:178228 , QTL:178229 , QTL:178307 , QTL:178308 , QTL:178392 , QTL:178393 , QTL:178394 , QTL:178495 , QTL:178565 , QTL:178566 . Chr.6 : QTL:178108 , QTL:178230 , QTL:178309 . Chr.7 : QTL:177751 , QTL:177806 , QTL:178109 , QTL:178231 , QTL:178310 , QTL:178496 , QTL:178497 . Chr.8 : QTL:177729 , QTL:177847 , QTL:177848 , QTL:177849 , QTL:177917 , QTL:177918 , QTL:178171 , QTL:178232 , QTL:178311 , QTL:178395 , QTL:178498 , QTL:178499 , QTL:178500 . Chr.9 : QTL:178011 , QTL:178110 , QTL:178172 , QTL:178312 , QTL:178396 , QTL:178397 , QTL:178398 . Chr.10 : QTL:177730 , QTL:178060 , QTL:178061 , QTL:178111 , QTL:178233 , QTL:178234 , QTL:178313 , QTL:178399 , QTL:178501 , QTL:178567 . Chr.11 : QTL:177671 , QTL:177675 , QTL:177685 , QTL:177699 , QTL:177706 , QTL:177707 , QTL:177783 , QTL:177807 , QTL:177830 , QTL:177831 , QTL:177878 , QTL:178112 , QTL:178314 , QTL:178400 , QTL:178401 , QTL:178568 , QTL:178569 . Chr.12 : QTL:177879 , QTL:177949 , QTL:178402 . Chr.13 : QTL:177808 , QTL:178173 , QTL:178235 , QTL:178236 , QTL:178315 , QTL:178316 , QTL:178403 , QTL:178570 , QTL:178571 , QTL:178572 . Chr.14 : QTL:177622 , QTL:177623 , QTL:177624 , QTL:177625 , QTL:177626 , QTL:177627 , QTL:177631 . Chr.15 : QTL:177769 , QTL:177880 , QTL:177881 , QTL:177919 , QTL:178012 , QTL:178013 , QTL:178014 , QTL:178174 , QTL:178175 , QTL:178237 , QTL:178404 , QTL:178502 , QTL:178503 . Chr.16 : QTL:177882 , QTL:177920 , QTL:178015 , QTL:178113 , QTL:178238 , QTL:178317 , QTL:178573 . Chr.18 : QTL:177657 , QTL:177731 , QTL:177745 , QTL:177770 , QTL:177850 , QTL:177921 , QTL:177981 , QTL:178016 , QTL:178062 , QTL:178063 , QTL:178318 , QTL:178319 , QTL:178320 , QTL:178504 , QTL:178505 , QTL:178574 . Chr.20 : QTL:178506 . Chr.22 : QTL:178064 , QTL:178321 , QTL:178405 , QTL:178406 , QTL:178507 , QTL:178508 , QTL:178575 . Chr.23 : QTL:177851 , QTL:178322 , QTL:178323 , QTL:178509 . Chr.25 : QTL:178176 , QTL:178407 . Chr.26 : QTL:177641 , QTL:177642 , QTL:177658 , QTL:177665 , QTL:177686 , QTL:177687 , QTL:177717 , QTL:177732 , QTL:177746 , QTL:177771 , QTL:177883 , QTL:177922 , QTL:177950 , QTL:178017 , QTL:178018 , QTL:178114 , QTL:178177 , QTL:178239 , QTL:178324 , QTL:178325 , QTL:178408 , QTL:178510 . Chr.27 : QTL:177923 , QTL:178065 . Chr.28 : QTL:177852 , QTL:177853 , QTL:177924 , QTL:177951 , QTL:178019 , QTL:178020 , QTL:178576 . Chr.29 : QTL:178066 , QTL:178115 , QTL:178116 , QTL:178178 , QTL:178240 , QTL:178409 , QTL:178511 , QTL:178577 .
QTL for Somatic cell score
Chr.1 : QTL:177735 , QTL:177755 , QTL:177859 , QTL:177860 , QTL:178033 , QTL:178034 , QTL:178035 , QTL:178077 , QTL:178350 , QTL:178351 , QTL:178436 , QTL:178437 , QTL:178438 , QTL:178439 . Chr.2 : QTL:177673 , QTL:177693 , QTL:177772 , QTL:177773 , QTL:177891 , QTL:177892 , QTL:177931 , QTL:177932 , QTL:177958 , QTL:177991 , QTL:178125 , QTL:178126 , QTL:178261 , QTL:178352 , QTL:178440 , QTL:178441 , QTL:178537 . Chr.3 : QTL:177634 , QTL:177662 , QTL:177667 , QTL:177679 , QTL:177700 , QTL:177756 , QTL:177774 , QTL:177775 , QTL:177861 , QTL:177893 , QTL:178036 , QTL:178078 , QTL:178194 , QTL:178195 , QTL:178262 , QTL:178263 , QTL:178264 , QTL:178353 , QTL:178354 , QTL:178442 , QTL:178538 . Chr.4 : QTL:177710 , QTL:177757 , QTL:177894 , QTL:177933 , QTL:177934 , QTL:177959 , QTL:178037 , QTL:178079 , QTL:178127 , QTL:178196 , QTL:178197 , QTL:178198 , QTL:178265 , QTL:178266 , QTL:178443 , QTL:178539 . Chr.5 : QTL:177630 , QTL:177636 , QTL:177637 , QTL:177650 , QTL:177655 , QTL:177680 , QTL:177758 , QTL:177862 , QTL:177863 , QTL:177864 , QTL:177935 , QTL:177960 , QTL:177961 , QTL:178038 , QTL:178039 , QTL:178128 , QTL:178129 , QTL:178199 , QTL:178200 , QTL:178267 , QTL:178268 , QTL:178444 . Chr.6 : QTL:177736 , QTL:177759 , QTL:178080 , QTL:178130 , QTL:178269 , QTL:178270 , QTL:178355 , QTL:178356 . Chr.7 : QTL:177760 , QTL:177838 , QTL:177865 , QTL:177866 , QTL:177992 , QTL:178040 , QTL:178041 , QTL:178131 , QTL:178132 , QTL:178133 , QTL:178201 , QTL:178357 , QTL:178445 . Chr.8 : QTL:177737 , QTL:177761 , QTL:177962 , QTL:177993 , QTL:177994 , QTL:178042 , QTL:178081 , QTL:178134 , QTL:178135 , QTL:178202 , QTL:178358 , QTL:178446 , QTL:178447 , QTL:178540 . Chr.9 : QTL:177776 , QTL:177795 , QTL:177815 , QTL:177839 , QTL:177840 , QTL:177867 , QTL:177895 , QTL:177963 , QTL:178082 , QTL:178136 , QTL:178137 , QTL:178138 , QTL:178271 , QTL:178272 , QTL:178273 , QTL:178359 , QTL:178448 , QTL:178449 . Chr.10 : QTL:177681 , QTL:177694 , QTL:177738 , QTL:177777 , QTL:177789 , QTL:177816 , QTL:177817 , QTL:177841 , QTL:177868 , QTL:177896 , QTL:177897 , QTL:177936 , QTL:177964 , QTL:177995 , QTL:177996 , QTL:177997 , QTL:177998 , QTL:178043 , QTL:178044 , QTL:178083 , QTL:178084 , QTL:178203 , QTL:178274 , QTL:178275 , QTL:178276 , QTL:178360 , QTL:178361 , QTL:178362 , QTL:178363 , QTL:178450 , QTL:178451 , QTL:178452 . Chr.11 : QTL:177695 , QTL:177762 , QTL:177778 , QTL:177790 , QTL:177818 , QTL:177898 , QTL:178139 , QTL:178541 . Chr.12 : QTL:178542 . Chr.13 : QTL:177682 , QTL:177739 , QTL:177740 , QTL:177763 , QTL:177764 , QTL:177779 , QTL:177791 , QTL:177796 , QTL:177819 , QTL:177820 , QTL:177821 , QTL:177869 , QTL:177899 , QTL:177900 , QTL:177965 , QTL:177966 , QTL:178045 , QTL:178046 , QTL:178140 , QTL:178141 , QTL:178277 , QTL:178453 , QTL:178543 . Chr.14 : QTL:177660 , QTL:177663 , QTL:177668 , QTL:177688 , QTL:177696 , QTL:177701 , QTL:177711 , QTL:177723 , QTL:177724 , QTL:177725 , QTL:177901 , QTL:177902 , QTL:177999 , QTL:178085 , QTL:178086 , QTL:178142 , QTL:178143 , QTL:178144 , QTL:178145 , QTL:178204 , QTL:178364 , QTL:178365 , QTL:178366 , QTL:178454 , QTL:178455 , QTL:178456 , QTL:178457 , QTL:178544 , QTL:178545 . Chr.15 : QTL:177635 , QTL:177651 , QTL:177689 , QTL:177726 , QTL:177741 , QTL:177870 , QTL:177903 , QTL:178146 , QTL:178205 , QTL:178206 , QTL:178278 , QTL:178367 , QTL:178546 . Chr.16 : QTL:178368 , QTL:178458 , QTL:178459 , QTL:178460 , QTL:178547 . Chr.18 : QTL:177690 , QTL:177712 , QTL:177792 , QTL:177797 , QTL:177871 , QTL:177872 , QTL:177967 , QTL:178000 , QTL:178279 , QTL:178461 . Chr.19 : QTL:178001 , QTL:178002 , QTL:178047 , QTL:178280 , QTL:178462 , QTL:178463 , QTL:178464 . Chr.20 : QTL:177691 , QTL:177742 , QTL:177798 , QTL:177822 , QTL:177904 , QTL:177937 , QTL:178048 , QTL:178207 , QTL:178281 , QTL:178369 , QTL:178370 , QTL:178465 , QTL:178466 . Chr.21 : QTL:177664 , QTL:177905 , QTL:177938 . Chr.22 : QTL:178147 , QTL:178282 , QTL:178371 , QTL:178467 . Chr.23 : QTL:178049 , QTL:178148 , QTL:178372 . Chr.25 : QTL:177968 . Chr.27 : QTL:177656 , QTL:177674 , QTL:177692 , QTL:177727 , QTL:177780 , QTL:177873 , QTL:177906 , QTL:177907 , QTL:177908 , QTL:177909 , QTL:177939 , QTL:178003 , QTL:178004 , QTL:178005 , QTL:178050 , QTL:178087 , QTL:178373 . Chr.28 : QTL:177652 , QTL:177969 , QTL:178149 , QTL:178208 , QTL:178283 , QTL:178374 , QTL:178548 . Chr.29 : QTL:177669 , QTL:177683 , QTL:177684 , QTL:177702 , QTL:177703 , QTL:177704 , QTL:177728 , QTL:177793 , QTL:178051 , QTL:178284 , QTL:178468 , QTL:178549 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (31) ,
Chr.2 (35) ,
Chr.3 (40) ,
Chr.4 (20) ,
Chr.5 (77) ,
Chr.6 (21) ,
Chr.7 (45) ,
Chr.8 (44) ,
Chr.9 (27) ,
Chr.10 (80) ,
Chr.11 (61) ,
Chr.12 (16) ,
Chr.13 (54) ,
Chr.14 (78) ,
Chr.15 (44) ,
Chr.16 (26) ,
Chr.17 (7) ,
Chr.18 (44) ,
Chr.19 (20) ,
Chr.20 (39) ,
Chr.21 (7) ,
Chr.22 (16) ,
Chr.23 (11) ,
Chr.24 (9) ,
Chr.25 (15) ,
Chr.26 (45) ,
Chr.27 (21) ,
Chr.28 (24) ,
Chr.29 (29) .
Number of gene-based eQTL/associations:
