Authors: Fan B, Onteru SK, Du ZQ, Garrick DJ, Stalder KJ, Rothschild MF
(Contact: mfrothsc@iastate.edu ) Affiliation: Department of Animal Science and Center for Integrated Animal Genomics, Iowa State University, Ames, Iowa, United States of America Title: Genome-wide association study identifies Loci for body composition and structural soundness traits in pigs. Journal: PloS One, 6(2): e14726 (2011)
DOI :
10.1371/journal.pone.0014726 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Subcutaneous fat thickness
Chr.X : Asso:16329 , Asso:16351 . Chr.1 : Asso:16305 , Asso:16306 , Asso:16307 , Asso:16308 , Asso:16330 , Asso:16331 , Asso:16332 , Asso:16333 . Chr.2 : Asso:16309 , Asso:16310 , Asso:16334 , Asso:16335 , Asso:16336 . Chr.4 : Asso:16311 , Asso:16337 , Asso:16338 , Asso:16339 . Chr.5 : Asso:16312 , Asso:16313 , Asso:16314 . Chr.6 : Asso:16315 , Asso:16316 , Asso:16340 , Asso:16341 . Chr.7 : Asso:16317 , Asso:16342 , Asso:16343 . Chr.8 : Asso:16318 . Chr.9 : Asso:16319 . Chr.11 : Asso:16344 , Asso:16345 . Chr.12 : Asso:16346 . Chr.13 : Asso:16320 . Chr.14 : Asso:16321 , Asso:16322 . Chr.15 : Asso:16323 . Chr.16 : Asso:16324 , Asso:16347 , Asso:16348 . Chr.17 : Asso:16325 , Asso:16326 , Asso:16327 . Chr.18 : Asso:16328 , Asso:16349 , Asso:16350 .
QTL for Longissimus muscle area
Chr.2 : Asso:16352 , Asso:16353 , Asso:16354 . Chr.5 : Asso:16355 . Chr.6 : Asso:16356 , Asso:16357 . Chr.7 : Asso:16358 . Chr.8 : Asso:16359 . Chr.13 : Asso:16360 , Asso:16361 , Asso:16362 . Chr.14 : Asso:16363 . Chr.15 : Asso:16364 . Chr.16 : Asso:16365 .
QTL for Body length
Chr.1 : Asso:16366 , Asso:16367 . Chr.3 : Asso:16368 , Asso:16369 . Chr.6 : Asso:16370 , Asso:16371 . Chr.17 : Asso:16372 , Asso:16373 , Asso:16374 .
QTL for Rump width
Chr.3 : Asso:16537 , Asso:16538 , Asso:16539 . Chr.6 : Asso:16540 . Chr.13 : Asso:16541 . Chr.15 : Asso:16542 , Asso:16543 , Asso:16544 . Chr.17 : Asso:16545 , Asso:16546 , Asso:16547 , Asso:16548 .
QTL for Front leg conformation
Chr.2 : Asso:16458 , Asso:16459 , Asso:16460 , Asso:16461 , Asso:16462 . Chr.3 : Asso:16375 . Chr.4 : Asso:16376 , Asso:16377 , Asso:16463 , Asso:16464 . Chr.5 : Asso:16378 , Asso:16379 , Asso:16380 , Asso:16413 . Chr.6 : Asso:16414 , Asso:16415 , Asso:16416 , Asso:16417 , Asso:16465 . Chr.7 : Asso:16466 , Asso:16467 . Chr.8 : Asso:16381 , Asso:16382 , Asso:16383 . Chr.9 : Asso:16384 , Asso:16385 , Asso:16468 . Chr.10 : Asso:16386 , Asso:16387 . Chr.11 : Asso:16418 , Asso:16469 . Chr.12 : Asso:16388 , Asso:16389 , Asso:16470 . Chr.13 : Asso:16390 . Chr.14 : Asso:16391 . Chr.15 : Asso:16392 , Asso:16393 . Chr.16 : Asso:16394 , Asso:16395 , Asso:16396 , Asso:16397 . Chr.17 : Asso:16398 , Asso:16419 . Chr.18 : Asso:16471 , Asso:16472 , Asso:16473 .
QTL for Hind leg conformation
Chr.X : Asso:16456 , Asso:16457 , Asso:16497 . Chr.1 : Asso:16399 , Asso:16474 , Asso:16475 . Chr.2 : Asso:16420 , Asso:16429 , Asso:16476 , Asso:16477 . Chr.3 : Asso:16400 , Asso:16478 , Asso:16479 . Chr.4 : Asso:16401 , Asso:16430 , Asso:16431 , Asso:16480 . Chr.6 : Asso:16402 , Asso:16403 , Asso:16404 , Asso:16421 , Asso:16481 . Chr.8 : Asso:16482 . Chr.9 : Asso:16405 , Asso:16406 , Asso:16422 , Asso:16423 , Asso:16424 , Asso:16432 , Asso:16433 , Asso:16434 , Asso:16435 , Asso:16436 , Asso:16437 . Chr.10 : Asso:16407 , Asso:16425 , Asso:16438 . Chr.11 : Asso:16426 , Asso:16427 , Asso:16439 , Asso:16440 , Asso:16441 , Asso:16442 , Asso:16443 , Asso:16444 , Asso:16445 , Asso:16446 , Asso:16447 , Asso:16448 , Asso:16483 , Asso:16484 . Chr.12 : Asso:16449 , Asso:16485 , Asso:16486 , Asso:16487 , Asso:16488 . Chr.14 : Asso:16428 , Asso:16489 . Chr.15 : Asso:16408 , Asso:16409 , Asso:16410 , Asso:16411 , Asso:16412 , Asso:16490 , Asso:16491 , Asso:16492 , Asso:16493 , Asso:16494 , Asso:16495 , Asso:16496 . Chr.16 : Asso:16450 , Asso:16451 . Chr.17 : Asso:16452 , Asso:16453 , Asso:16454 , Asso:16455 .
QTL for Front feet conformation
Chr.1 : Asso:16498 , Asso:16499 , Asso:16500 . Chr.4 : Asso:16522 . Chr.8 : Asso:16523 . Chr.10 : Asso:16501 , Asso:16502 . Chr.11 : Asso:16503 . Chr.13 : Asso:16504 . Chr.14 : Asso:16505 . Chr.15 : Asso:16506 . Chr.18 : Asso:16507 , Asso:16508 , Asso:16524 .
QTL for Hind feet conformation
Chr.2 : Asso:16509 . Chr.3 : Asso:16510 . Chr.5 : Asso:16511 , Asso:16512 , Asso:16513 , Asso:16514 . Chr.6 : Asso:16525 . Chr.9 : Asso:16515 , Asso:16516 , Asso:16526 , Asso:16527 , Asso:16528 . Chr.11 : Asso:16517 , Asso:16518 , Asso:16519 . Chr.17 : Asso:16520 , Asso:16521 , Asso:16529 , Asso:16530 .
QTL for Body depth
Chr.1 : Asso:16531 . Chr.8 : Asso:16532 , Asso:16533 . Chr.10 : Asso:16534 , Asso:16535 . Chr.17 : Asso:16536 .
QTL for Rib shape
Chr.13 : Asso:16549 . Chr.16 : Asso:16550 . Chr.17 : Asso:16551 , Asso:16552 .
QTL for Hip structure
Chr.2 : Asso:16553 . Chr.4 : Asso:16554 . Chr.5 : Asso:16555 . Chr.8 : Asso:16556 . Chr.9 : Asso:16557 , Asso:16558 , Asso:16559 , Asso:16560 , Asso:16561 , Asso:16562 , Asso:16563 . Chr.13 : Asso:16564 . Chr.16 : Asso:16565 , Asso:16566 , Asso:16567 , Asso:16568 . Chr.18 : Asso:16569 , Asso:16570 .
QTL for Top line conformation
Chr.4 : Asso:16571 , Asso:16575 . Chr.6 : Asso:16576 , Asso:16577 , Asso:16578 . Chr.13 : Asso:16572 , Asso:16573 , Asso:16574 , Asso:16579 . Chr.17 : Asso:16580 , Asso:16581 .
QTL for Gait score (overall)
Chr.2 : Asso:16582 . Chr.3 : Asso:16583 . Chr.5 : Asso:16584 . Chr.6 : Asso:16585 . Chr.9 : Asso:16586 , Asso:16587 , Asso:16588 , Asso:16589 . Chr.13 : Asso:16590 , Asso:16591 . Chr.15 : Asso:16592 . Chr.16 : Asso:16593 , Asso:16594 , Asso:16595 , Asso:16596 , Asso:16597 , Asso:16598 , Asso:16599 . Chr.18 : Asso:16600 , Asso:16601 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (5) ,
Chr.1 (17) ,
Chr.2 (20) ,
Chr.3 (11) ,
Chr.4 (16) ,
Chr.5 (14) ,
Chr.6 (24) ,
Chr.7 (6) ,
Chr.8 (10) ,
Chr.9 (31) ,
Chr.10 (9) ,
Chr.11 (22) ,
Chr.12 (9) ,
Chr.13 (15) ,
Chr.14 (7) ,
Chr.15 (21) ,
Chr.16 (22) ,
Chr.17 (25) ,
Chr.18 (13) .
Number of gene-based eQTL/associations:
