Authors: Nalaila S M, Stothard P, Moore S S, Li C, Wang Z
(Contact: zhiquan@ualberta.ca ) Affiliation: Department of Agricultural, Food and Nutritional Science, University of Alberta, Edmonton, Alberta, Canada. Title: Whole-genome QTL scan for ultrasound and carcass merit traits in beef cattle using Bayesian shrinkage method. Journal: Journal Of Animal Breeding And Genetics , 129 (2): 107-19 (2012)
DOI :
10.1111/j.1439-0388.2011.00954.x Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Subcutaneous fat thickness
Chr.1 : Asso:20261 , Asso:20274 , Asso:20362 , Asso:20440 , Asso:20441 . Chr.2 : Asso:20262 , Asso:20275 , Asso:20276 , Asso:20363 , Asso:20364 , Asso:20365 , Asso:20366 . Chr.3 : Asso:20263 , Asso:20264 , Asso:20277 , Asso:20278 , Asso:20279 , Asso:20367 , Asso:20442 , Asso:20443 , Asso:20444 , Asso:20445 . Chr.4 : Asso:20280 , Asso:20285 , Asso:20368 , Asso:20446 . Chr.5 : Asso:20265 , Asso:20281 , Asso:20282 , Asso:20283 , Asso:20369 , Asso:20370 . Chr.6 : Asso:20286 , Asso:20287 , Asso:20371 , Asso:20447 . Chr.7 : Asso:20266 , Asso:20288 , Asso:20372 , Asso:20448 , Asso:20449 , Asso:20450 . Chr.8 : Asso:20267 , Asso:20373 . Chr.10 : Asso:20451 . Chr.11 : Asso:20284 . Chr.12 : Asso:20452 . Chr.13 : Asso:20268 , Asso:20289 , Asso:20453 . Chr.14 : Asso:20269 , Asso:20290 . Chr.15 : Asso:20270 , Asso:20374 , Asso:20375 , Asso:20454 . Chr.17 : Asso:20376 . Chr.18 : Asso:20271 . Chr.19 : Asso:20291 , Asso:20292 . Chr.21 : Asso:20293 , Asso:20455 . Chr.22 : Asso:20294 . Chr.27 : Asso:20272 , Asso:20377 , Asso:20456 . Chr.28 : Asso:20273 . Chr.29 : Asso:20378 .
QTL for Marbling score
Chr.1 : Asso:20295 , Asso:20296 , Asso:20297 , Asso:20316 , Asso:20396 , Asso:20397 . Chr.2 : Asso:20298 , Asso:20299 , Asso:20317 , Asso:20398 , Asso:20399 , Asso:20400 . Chr.3 : Asso:20300 , Asso:20318 , Asso:20319 , Asso:20401 , Asso:20402 . Chr.4 : Asso:20301 , Asso:20403 . Chr.5 : Asso:20302 , Asso:20303 , Asso:20320 , Asso:20321 . Chr.6 : Asso:20304 , Asso:20322 , Asso:20404 . Chr.7 : Asso:20305 . Chr.8 : Asso:20306 , Asso:20405 . Chr.9 : Asso:20307 , Asso:20406 . Chr.10 : Asso:20308 , Asso:20323 , Asso:20407 . Chr.11 : Asso:20309 , Asso:20324 , Asso:20325 , Asso:20408 . Chr.13 : Asso:20326 . Chr.14 : Asso:20310 , Asso:20311 . Chr.15 : Asso:20312 , Asso:20313 , Asso:20327 . Chr.19 : Asso:20314 . Chr.21 : Asso:20315 . Chr.28 : Asso:20328 , Asso:20409 . Chr.29 : Asso:20410 .
QTL for Longissimus muscle area
Chr.1 : Asso:20329 , Asso:20337 , Asso:20379 , Asso:20380 , Asso:20381 . Chr.3 : Asso:20330 , Asso:20331 , Asso:20332 , Asso:20338 , Asso:20382 . Chr.4 : Asso:20333 , Asso:20383 , Asso:20384 . Chr.5 : Asso:20334 , Asso:20339 , Asso:20385 , Asso:20386 , Asso:20387 . Chr.6 : Asso:20340 , Asso:20388 . Chr.7 : Asso:20341 . Chr.8 : Asso:20335 , Asso:20389 . Chr.9 : Asso:20342 . Chr.10 : Asso:20336 , Asso:20343 . Chr.11 : Asso:20344 , Asso:20390 . Chr.12 : Asso:20391 . Chr.14 : Asso:20392 , Asso:20393 , Asso:20394 . Chr.15 : Asso:20395 . Chr.17 : Asso:20345 . Chr.18 : Asso:20346 . Chr.21 : Asso:20347 . Chr.27 : Asso:20348 . Chr.28 : Asso:20349 . Chr.29 : Asso:20350 .
QTL for Carcass weight
Chr.1 : Asso:20351 , Asso:20352 , Asso:20353 . Chr.2 : Asso:20354 . Chr.4 : Asso:20355 . Chr.5 : Asso:20356 . Chr.6 : Asso:20357 , Asso:20358 . Chr.15 : Asso:20359 . Chr.18 : Asso:20360 . Chr.20 : Asso:20361 .
QTL for Yield grade
Chr.1 : Asso:20411 , Asso:20412 , Asso:20413 . Chr.2 : Asso:20414 , Asso:20415 . Chr.3 : Asso:20416 . Chr.4 : Asso:20417 . Chr.5 : Asso:20418 . Chr.7 : Asso:20419 , Asso:20420 . Chr.9 : Asso:20421 , Asso:20422 . Chr.11 : Asso:20423 . Chr.16 : Asso:20424 . Chr.19 : Asso:20425 . Chr.20 : Asso:20426 . Chr.25 : Asso:20427 . Chr.28 : Asso:20428 , Asso:20429 .
QTL for Longissimus muscle area growth
Chr.1 : Asso:20430 , Asso:20431 . Chr.2 : Asso:20432 . Chr.3 : Asso:20433 , Asso:20434 . Chr.5 : Asso:20435 . Chr.8 : Asso:20436 , Asso:20437 . Chr.9 : Asso:20438 . Chr.10 : Asso:20439 .
QTL for Lean meat yield
Chr.1 : Asso:20457 , Asso:20458 . Chr.2 : Asso:20459 . Chr.3 : Asso:20460 . Chr.4 : Asso:20461 . Chr.7 : Asso:20462 . Chr.11 : Asso:20463 . Chr.14 : Asso:20464 . Chr.15 : Asso:20465 . Chr.20 : Asso:20466 , Asso:20467 . Chr.27 : Asso:20468 . Chr.28 : Asso:20469 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (26) ,
Chr.2 (18) ,
Chr.3 (24) ,
Chr.4 (12) ,
Chr.5 (18) ,
Chr.6 (11) ,
Chr.7 (11) ,
Chr.8 (8) ,
Chr.9 (6) ,
Chr.10 (7) ,
Chr.11 (9) ,
Chr.12 (2) ,
Chr.13 (4) ,
Chr.14 (8) ,
Chr.15 (10) ,
Chr.16 (1) ,
Chr.17 (2) ,
Chr.18 (3) ,
Chr.19 (4) ,
Chr.20 (4) ,
Chr.21 (4) ,
Chr.22 (1) ,
Chr.25 (1) ,
Chr.27 (5) ,
Chr.28 (7) ,
Chr.29 (3) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Nalaila S M, Stothard P, Moore S S, Li C, Wang Z (2012). Whole-genome QTL scan for ultrasound and carcass merit traits in beef cattle using Bayesian shrinkage method.. Journal of animal breeding and genetics , 129 (2): 107-19;
Curated into QTLdb on 2013-04-05. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=ExUf4L4VmA
OR
Nalaila S M, Stothard P, Moore S S, Li C, Wang Z (2012). Whole-genome QTL scan for ultrasound and carcass merit traits in beef cattle using Bayesian shrinkage method.. Journal of animal breeding and genetics , 129 (2): 107-19; DOI: https://dx.doi.org/10.1111/j.1439-0388.2011.00954.x
