Authors: Sousa Junior LPB, Pinto LFB, Cruz VAR, Junior GAO, Oliveira HR, Chud TS, Pedrosa VB, Miglior F, Schenkel FS, Brito LF
(Contact: britol@purdue.edu ) Affiliation: Department of Animal Sciences, Federal University of Bahia, Salvador, BA, 40170-110, Brazil Title: Genome-wide association and functional genomic analyses for various hoof health traits in North American Holstein cattle Journal: Journal Of Dairy Science, S0022-0302(23)00779-8 (2023)
DOI :
10.3168/jds.2023-23806 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Hoof and leg disorders
Chr.3 : Asso:286421 , Asso:286422 . Chr.5 : Asso:286423 , Asso:286424 , Asso:286425 . Chr.8 : Asso:286426 . Chr.14 : Asso:286427 .
QTL for Digital dermatitis
Chr.3 : Asso:286428 , Asso:286429 . Chr.4 : Asso:286430 . Chr.5 : Asso:286431 . Chr.11 : Asso:286432 . Chr.15 : Asso:286433 . Chr.18 : Asso:286434 . Chr.23 : Asso:286435 , Asso:286436 , Asso:286437 , Asso:286438 .
QTL for Heel horn erosion
Chr.1 : Asso:286439 . Chr.3 : Asso:286440 , Asso:286441 . Chr.14 : Asso:286442 , Asso:286443 , Asso:286444 , Asso:286445 , Asso:286446 , Asso:286447 , Asso:286448 , Asso:286449 . Chr.21 : Asso:286450 . Chr.29 : Asso:286451 .
QTL for Interdigital dermatitis
Chr.3 : Asso:286452 , Asso:286453 , Asso:286454 , Asso:286455 , Asso:286456 , Asso:286457 . Chr.9 : Asso:286458 , Asso:286459 . Chr.14 : Asso:286460 . Chr.17 : Asso:286461 .
QTL for Interdigital hyperplasia
Chr.1 : Asso:286462 . Chr.3 : Asso:286463 , Asso:286464 . Chr.5 : Asso:286465 , Asso:286466 . Chr.6 : Asso:286467 . Chr.14 : Asso:286468 , Asso:286469 , Asso:286470 . Chr.15 : Asso:286471 . Chr.19 : Asso:286472 , Asso:286473 . Chr.22 : Asso:286474 . Chr.23 : Asso:286475 .
QTL for Sole hemorrhage
Chr.1 : Asso:286476 , Asso:286477 , Asso:286478 . Chr.4 : Asso:286479 . Chr.5 : Asso:286480 , Asso:286481 . Chr.19 : Asso:286482 , Asso:286483 , Asso:286484 , Asso:286485 , Asso:286486 , Asso:286487 , Asso:286488 , Asso:286489 , Asso:286490 . Chr.22 : Asso:286491 . Chr.24 : Asso:286492 , Asso:286493 , Asso:286494 . Chr.25 : Asso:286495 , Asso:286496 , Asso:286497 .
QTL for White line disease
Chr.1 : Asso:286498 . Chr.3 : Asso:286499 , Asso:286500 . Chr.5 : Asso:286501 . Chr.8 : Asso:286502 , Asso:286503 . Chr.13 : Asso:286504 . Chr.16 : Asso:286505 . Chr.21 : Asso:286506 , Asso:286507 , Asso:286508 , Asso:286509 . Chr.25 : Asso:286510 , Asso:286511 , Asso:286512 .
QTL for Sole ulcer
Chr.4 : Asso:286513 , Asso:286514 , Asso:286515 . Chr.5 : Asso:286516 , Asso:286517 . Chr.13 : Asso:286518 , Asso:286519 , Asso:286520 , Asso:286521 , Asso:286522 , Asso:286523 , Asso:286524 , Asso:286525 , Asso:286526 , Asso:286527 , Asso:286528 , Asso:286529 , Asso:286530 , Asso:286531 , Asso:286532 , Asso:286533 . Chr.14 : Asso:286534 , Asso:286535 . Chr.18 : Asso:286536 , Asso:286537 . Chr.19 : Asso:286538 .
QTL for Toe ulcer
Chr.8 : Asso:286539 , Asso:286540 , Asso:286541 , Asso:286542 , Asso:286543 , Asso:286544 . Chr.11 : Asso:286545 . Chr.13 : Asso:286546 , Asso:286547 . Chr.23 : Asso:286548 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (6) ,
Chr.3 (16) ,
Chr.4 (5) ,
Chr.5 (11) ,
Chr.6 (1) ,
Chr.8 (9) ,
Chr.9 (2) ,
Chr.11 (2) ,
Chr.13 (19) ,
Chr.14 (15) ,
Chr.15 (2) ,
Chr.16 (1) ,
Chr.17 (1) ,
Chr.18 (3) ,
Chr.19 (12) ,
Chr.21 (5) ,
Chr.22 (2) ,
Chr.23 (6) ,
Chr.24 (3) ,
Chr.25 (6) ,
Chr.29 (1) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Sousa Junior LPB, Pinto LFB, Cruz VAR, Junior GAO, Oliveira HR, Chud TS, Pedrosa VB, Miglior F, Schenkel FS, Brito LF (2023). Genome-wide association and functional genomic analyses for various hoof health traits in North American Holstein cattle. Journal of dairy science, S0022-0302(23)00779-8;
Curated into QTLdb on 2023-11-29. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=EzEn7W7QiZ
OR
Sousa Junior LPB, Pinto LFB, Cruz VAR, Junior GAO, Oliveira HR, Chud TS, Pedrosa VB, Miglior F, Schenkel FS, Brito LF (2023). Genome-wide association and functional genomic analyses for various hoof health traits in North American Holstein cattle. Journal of dairy science, S0022-0302(23)00779-8; DOI: https://dx.doi.org/10.3168/jds.2023-23806
