Authors:
Kiser JN, Clancey E, Moraes JGN, Dalton J, Burns GW, Spencer TE, Neibergs HL
(Contact: neibergs@wsu.edu )
Affiliation:
Department of Animal Sciences and Center for Reproductive Biology, Washington State University, Pullman, WA, United States
Title:
Identification of loci associated with conception rate in primiparous Holstein cows
Journal:
BMC Genomics, 20(1): 840 (2019)
DOI :
10.1186/s12864-019-6203-2
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Conception rate reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:181425 , Asso:181427 , Asso:181428 , Asso:181429 , Asso:181430 , Asso:181431 , Asso:181432 . Chr.1 : Asso:181148 , Asso:181149 , Asso:181150 , Asso:181151 , Asso:181152 , Asso:181153 , Asso:181154 , Asso:181155 , Asso:181156 , Asso:181157 , Asso:181158 , Asso:181159 , Asso:181160 , Asso:181161 , Asso:181162 , Asso:181163 , Asso:181164 , Asso:181165 , Asso:181166 . Chr.2 : Asso:181167 , Asso:181168 , Asso:181169 , Asso:181170 , Asso:181171 , Asso:181172 , Asso:181173 , Asso:181174 , Asso:181175 , Asso:181176 . Chr.3 : Asso:181177 , Asso:181178 , Asso:181179 , Asso:181180 , Asso:181181 , Asso:181182 , Asso:181183 , Asso:181184 , Asso:181185 , Asso:181186 , Asso:181187 , Asso:181188 , Asso:181189 . Chr.4 : Asso:181190 , Asso:181191 , Asso:181192 , Asso:181193 , Asso:181194 , Asso:181195 , Asso:181196 , Asso:181197 , Asso:181198 , Asso:181199 , Asso:181200 . Chr.5 : Asso:181201 , Asso:181202 , Asso:181203 , Asso:181204 , Asso:181205 , Asso:181206 , Asso:181207 , Asso:181208 , Asso:181209 , Asso:181210 , Asso:181211 , Asso:181212 , Asso:181213 , Asso:181214 , Asso:181215 , Asso:181216 . Chr.6 : Asso:181217 , Asso:181218 , Asso:181219 , Asso:181220 , Asso:181221 , Asso:181222 , Asso:181223 , Asso:181224 , Asso:181225 , Asso:181226 , Asso:181227 , Asso:181228 , Asso:181229 , Asso:181230 , Asso:181231 , Asso:181232 . Chr.7 : Asso:181233 , Asso:181234 , Asso:181235 , Asso:181236 , Asso:181237 , Asso:181238 , Asso:181239 , Asso:181240 , Asso:181241 . Chr.8 : Asso:181242 , Asso:181243 , Asso:181244 , Asso:181245 , Asso:181246 , Asso:181247 , Asso:181248 , Asso:181249 , Asso:181250 , Asso:181251 , Asso:181252 , Asso:181253 , Asso:181254 , Asso:181255 , Asso:181256 . Chr.9 : Asso:181257 , Asso:181258 , Asso:181259 , Asso:181260 , Asso:181261 , Asso:181262 , Asso:181263 , Asso:181264 , Asso:181265 . Chr.10 : Asso:181266 , Asso:181267 , Asso:181268 , Asso:181269 , Asso:181270 , Asso:181271 , Asso:181272 , Asso:181273 , Asso:181274 . Chr.11 : Asso:181275 , Asso:181276 , Asso:181277 , Asso:181278 , Asso:181279 , Asso:181280 , Asso:181281 , Asso:181282 , Asso:181283 , Asso:181284 , Asso:181285 , Asso:181286 , Asso:181287 , Asso:181288 , Asso:181289 , Asso:181290 . Chr.12 : Asso:181291 , Asso:181292 , Asso:181293 , Asso:181294 , Asso:181295 , Asso:181296 , Asso:181297 , Asso:181298 , Asso:181299 . Chr.13 : Asso:181300 , Asso:181301 , Asso:181302 , Asso:181303 , Asso:181304 , Asso:181305 , Asso:181306 , Asso:181307 , Asso:181308 . Chr.14 : Asso:181309 , Asso:181310 , Asso:181311 , Asso:181312 , Asso:181313 , Asso:181315 , Asso:181314 , Asso:181316 , Asso:181317 , Asso:181318 , Asso:181319 , Asso:181320 , Asso:181321 , Asso:181322 . Chr.15 : Asso:181323 , Asso:181324 , Asso:181325 , Asso:181326 , Asso:181327 , Asso:181328 , Asso:181329 , Asso:181330 , Asso:181331 , Asso:181332 . Chr.16 : Asso:181333 , Asso:181334 , Asso:181335 , Asso:181336 , Asso:181337 , Asso:181338 , Asso:181339 , Asso:181340 , Asso:181341 . Chr.17 : Asso:181342 , Asso:181343 , Asso:181344 , Asso:181345 , Asso:181346 , Asso:181347 , Asso:181348 , Asso:181349 , Asso:181350 , Asso:181351 , Asso:181352 , Asso:181353 , Asso:181354 . Chr.18 : Asso:181355 , Asso:181356 , Asso:181357 , Asso:181358 , Asso:181359 , Asso:181360 , Asso:181361 . Chr.19 : Asso:181362 , Asso:181363 , Asso:181364 , Asso:181365 , Asso:181366 . Chr.20 : Asso:181367 , Asso:181368 , Asso:181369 , Asso:181370 , Asso:181371 , Asso:181372 , Asso:181373 , Asso:181375 . Chr.21 : Asso:181376 . Chr.22 : Asso:181377 , Asso:181378 , Asso:181379 , Asso:181380 , Asso:181381 , Asso:181382 , Asso:181383 , Asso:181384 , Asso:181385 , Asso:181386 , Asso:181387 . Chr.23 : Asso:181388 , Asso:181389 , Asso:181390 , Asso:181391 , Asso:181392 . Chr.24 : Asso:181393 , Asso:181394 , Asso:181395 , Asso:181396 . Chr.25 : Asso:181397 . Chr.26 : Asso:181398 , Asso:181399 , Asso:181400 , Asso:181401 , Asso:181402 , Asso:181403 , Asso:181404 , Asso:181405 , Asso:181406 . Chr.27 : Asso:181407 , Asso:181408 , Asso:181409 , Asso:181410 , Asso:181412 , Asso:181413 . Chr.28 : Asso:181414 , Asso:181415 . Chr.29 : Asso:181416 , Asso:181417 , Asso:181418 , Asso:181419 , Asso:181420 , Asso:181421 , Asso:181422 , Asso:181423 , Asso:181424 .
QTL for Inseminations per conception reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:181433 , Asso:181564 , Asso:181565 , Asso:181566 . Chr.1 : Asso:181434 , Asso:181435 , Asso:181436 , Asso:181437 , Asso:181438 , Asso:181439 . Chr.2 : Asso:181440 , Asso:181441 , Asso:181442 . Chr.3 : Asso:181443 , Asso:181444 , Asso:181445 , Asso:181446 , Asso:181447 , Asso:181448 , Asso:181449 , Asso:181450 , Asso:181451 , Asso:181452 . Chr.4 : Asso:181453 , Asso:181454 , Asso:181455 . Chr.5 : Asso:181456 , Asso:181457 , Asso:181458 , Asso:181459 , Asso:181460 , Asso:181461 , Asso:181462 , Asso:181463 . Chr.6 : Asso:181464 , Asso:181465 , Asso:181466 , Asso:181467 , Asso:181468 , Asso:181469 , Asso:181470 , Asso:181471 , Asso:181472 , Asso:181473 , Asso:181474 . Chr.7 : Asso:181475 , Asso:181476 , Asso:181477 , Asso:181478 , Asso:181479 , Asso:181480 . Chr.8 : Asso:181481 , Asso:181482 , Asso:181483 , Asso:181484 , Asso:181485 , Asso:181486 , Asso:181487 . Chr.9 : Asso:181488 , Asso:181489 , Asso:181490 , Asso:181491 . Chr.10 : Asso:181492 , Asso:181493 , Asso:181494 , Asso:181495 , Asso:181496 . Chr.11 : Asso:181497 , Asso:181498 , Asso:181499 . Chr.12 : Asso:181500 . Chr.13 : Asso:181501 , Asso:181502 , Asso:181503 , Asso:181504 , Asso:181505 . Chr.14 : Asso:181506 , Asso:181507 , Asso:181508 , Asso:181509 , Asso:181510 . Chr.15 : Asso:181511 , Asso:181512 , Asso:181513 , Asso:181514 , Asso:181515 . Chr.16 : Asso:181516 , Asso:181517 , Asso:181518 , Asso:181519 . Chr.17 : Asso:181520 , Asso:181521 , Asso:181522 , Asso:181523 , Asso:181524 , Asso:181525 , Asso:181526 . Chr.18 : Asso:181527 , Asso:181528 , Asso:181529 , Asso:181530 , Asso:181531 . Chr.19 : Asso:181532 , Asso:181533 . Chr.20 : Asso:181534 , Asso:181535 , Asso:181536 , Asso:181537 . Chr.21 : Asso:181538 . Chr.22 : Asso:181539 , Asso:181540 , Asso:181541 , Asso:181542 , Asso:181543 , Asso:181544 , Asso:181545 . Chr.23 : Asso:181546 , Asso:181547 , Asso:181548 , Asso:181549 . Chr.26 : Asso:181550 , Asso:181551 , Asso:181552 , Asso:181553 . Chr.27 : Asso:181554 , Asso:181555 , Asso:181556 . Chr.28 : Asso:181557 . Chr.29 : Asso:181558 , Asso:181559 , Asso:181560 , Asso:181561 , Asso:181562 , Asso:181563 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (11) ,
Chr.1 (25) ,
Chr.2 (13) ,
Chr.3 (23) ,
Chr.4 (14) ,
Chr.5 (24) ,
Chr.6 (27) ,
Chr.7 (15) ,
Chr.8 (22) ,
Chr.9 (13) ,
Chr.10 (14) ,
Chr.11 (19) ,
Chr.12 (10) ,
Chr.13 (14) ,
Chr.14 (19) ,
Chr.15 (15) ,
Chr.16 (13) ,
Chr.17 (20) ,
Chr.18 (12) ,
Chr.19 (7) ,
Chr.20 (12) ,
Chr.21 (2) ,
Chr.22 (18) ,
Chr.23 (9) ,
Chr.24 (4) ,
Chr.25 (1) ,
Chr.26 (13) ,
Chr.27 (9) ,
Chr.28 (3) ,
Chr.29 (15) .
Number of gene-based eQTL/associations: