Authors:
Gòdia M, Reverter A, González-Prendes R, Ramayo-Caldas Y, Castelló A, Rodríguez-Gil JE, Sánchez A, Clop A
(Contact: alex.clop@cragenomica.es )
Affiliation:
Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), 08003, Barcelona, Catalonia, Spain
Title:
A systems biology framework integrating GWAS and RNA-seq to shed light on the molecular basis of sperm quality in swine
Journal:
Genetics, Selection, Evolution : GSE, 52(1): 72 (2020)
DOI :
10.1186/s12711-020-00592-0
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QTL for Sperm motility reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:215653 , Asso:215654 , Asso:215655 , Asso:215656 , Asso:215657 , Asso:215658 , Asso:215659 , Asso:215660 , Asso:215661 , Asso:215662 , Asso:215663 , Asso:215664 , Asso:215665 , Asso:215666 , Asso:215667 , Asso:215668 , Asso:215669 , Asso:215670 , Asso:215671 , Asso:215672 , Asso:215673 , Asso:215674 , Asso:215675 , Asso:215676 , Asso:215677 , Asso:215678 , Asso:215679 , Asso:215680 , Asso:215681 , Asso:215682 , Asso:215683 , Asso:215684 , Asso:215685 , Asso:215686 , Asso:215687 , Asso:215688 , Asso:215689 , Asso:215690 , Asso:215691 , Asso:215692 , Asso:215693 , Asso:215694 , Asso:215695 , Asso:215696 , Asso:215697 , Asso:215698 , Asso:215699 , Asso:215700 , Asso:215701 , Asso:215702 , Asso:215703 , Asso:215704 , Asso:215705 , Asso:215706 , Asso:215707 , Asso:215708 , Asso:215709 , Asso:215710 , Asso:215711 , Asso:215712 , Asso:215713 , Asso:215714 , Asso:215715 , Asso:215716 , Asso:215717 , Asso:215718 , Asso:215719 , Asso:215720 , Asso:215721 , Asso:215722 , Asso:215723 , Asso:215724 , Asso:215725 , Asso:215726 , Asso:215727 , Asso:215728 , Asso:215729 , Asso:215730 , Asso:215731 , Asso:215732 , Asso:215733 , Asso:215734 , Asso:215735 , Asso:215736 , Asso:215737 , Asso:215738 , Asso:215739 , Asso:215740 , Asso:215779 , Asso:215780 , Asso:215809 , Asso:215810 , Asso:215812 , Asso:215813 , Asso:215814 , Asso:215815 , Asso:215816 , Asso:215817 , Asso:215818 , Asso:215819 , Asso:215820 , Asso:215821 , Asso:215822 , Asso:215823 , Asso:215824 , Asso:215825 , Asso:215826 , Asso:215827 , Asso:215828 , Asso:215829 , Asso:215830 , Asso:215831 , Asso:215832 , Asso:215833 , Asso:215834 , Asso:215835 , Asso:215836 , Asso:215837 , Asso:215838 , Asso:215839 , Asso:215840 , Asso:215841 , Asso:215842 , Asso:215843 , Asso:215844 , Asso:215845 , Asso:215846 , Asso:215847 , Asso:215848 , Asso:215849 , Asso:215850 , Asso:215851 , Asso:215852 , Asso:215853 , Asso:215854 , Asso:215855 , Asso:215856 , Asso:215857 , Asso:215858 , Asso:215859 , Asso:215861 , Asso:215862 , Asso:215863 , Asso:215864 , Asso:215865 , Asso:215866 , Asso:215867 , Asso:215868 , Asso:215869 , Asso:215870 , Asso:215871 , Asso:215872 , Asso:215873 , Asso:215874 , Asso:215875 , Asso:215876 , Asso:215877 , Asso:215878 , Asso:215879 , Asso:215880 , Asso:215881 , Asso:215882 , Asso:215883 , Asso:215884 , Asso:215885 , Asso:215886 , Asso:215887 , Asso:215888 , Asso:215889 , Asso:215890 , Asso:215891 , Asso:215892 , Asso:215893 , Asso:215894 , Asso:215895 , Asso:215896 , Asso:215897 , Asso:215898 , Asso:215899 , Asso:215900 , Asso:215901 , Asso:215902 , Asso:215903 , Asso:215904 , Asso:215905 , Asso:215906 , Asso:215907 , Asso:215908 , Asso:215909 , Asso:215910 , Asso:215911 , Asso:215912 , Asso:215913 , Asso:215914 , Asso:215915 , Asso:215916 , Asso:215917 , Asso:215918 , Asso:215919 , Asso:215920 , Asso:215921 , Asso:215922 , Asso:215923 , Asso:215925 , Asso:215926 , Asso:215927 , Asso:215928 , Asso:215929 , Asso:215930 , Asso:215931 , Asso:215932 , Asso:215934 , Asso:215935 , Asso:215936 , Asso:215937 , Asso:215938 , Asso:215939 , Asso:215940 , Asso:215941 , Asso:215943 , Asso:215944 , Asso:215945 , Asso:215947 , Asso:215948 , Asso:215949 , Asso:215951 , Asso:215952 , Asso:215953 , Asso:215954 , Asso:215955 , Asso:215956 , Asso:215957 , Asso:215958 , Asso:215959 , Asso:215961 , Asso:215962 , Asso:215963 , Asso:215964 , Asso:215965 , Asso:215966 , Asso:215967 , Asso:215968 , Asso:215969 , Asso:215970 , Asso:215971 , Asso:215972 , Asso:215974 , Asso:215975 , Asso:215976 , Asso:215977 , Asso:215978 , Asso:215979 , Asso:215980 , Asso:215982 , Asso:215983 , Asso:215985 , Asso:215986 , Asso:215987 , Asso:215988 , Asso:215989 , Asso:215991 , Asso:215992 , Asso:215993 , Asso:215994 , Asso:215995 , Asso:215996 , Asso:215997 , Asso:215999 , Asso:216000 , Asso:216001 , Asso:216002 , Asso:216003 , Asso:216004 , Asso:216006 , Asso:216007 , Asso:216008 , Asso:216009 , Asso:216010 , Asso:216011 , Asso:216012 , Asso:216013 , Asso:216014 , Asso:216015 , Asso:216016 , Asso:216017 , Asso:216018 , Asso:216019 , Asso:216020 , Asso:216021 , Asso:216022 , Asso:216023 , Asso:216024 , Asso:216025 , Asso:216026 , Asso:216027 , Asso:216029 , Asso:216030 , Asso:216031 , Asso:216033 , Asso:216034 , Asso:216035 , Asso:216036 , Asso:216037 , Asso:216038 , Asso:216039 , Asso:216040 , Asso:216041 , Asso:216042 , Asso:216043 , Asso:216044 , Asso:216046 , Asso:216047 , Asso:216048 , Asso:216049 , Asso:216051 , Asso:216052 , Asso:216053 , Asso:216054 , Asso:216055 , Asso:216056 , Asso:216057 , Asso:216058 , Asso:216059 , Asso:216060 , Asso:216062 , Asso:216063 , Asso:216064 , Asso:216065 , Asso:216066 , Asso:216067 , Asso:216068 , Asso:216069 , Asso:216070 , Asso:216071 , Asso:216072 , Asso:216073 , Asso:216074 , Asso:216075 , Asso:216076 , Asso:216077 , Asso:216079 , Asso:216080 , Asso:216081 , Asso:216082 , Asso:216084 , Asso:216085 , Asso:216087 , Asso:216088 , Asso:216089 , Asso:216090 , Asso:216091 , Asso:216092 , Asso:216093 , Asso:216094 , Asso:216095 . Chr.9 : Asso:215784 , Asso:215785 . Chr.16 : Asso:215808 .
QTL for Sperm abnormality rate reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:215741 , Asso:215742 , Asso:215743 , Asso:215744 , Asso:215745 , Asso:215746 , Asso:215747 , Asso:215748 , Asso:215749 , Asso:215750 , Asso:215751 , Asso:215752 , Asso:215753 , Asso:215754 , Asso:215755 , Asso:215756 , Asso:215757 , Asso:215758 , Asso:215759 , Asso:215760 , Asso:215761 , Asso:215762 , Asso:215763 , Asso:215764 , Asso:215765 , Asso:215767 , Asso:215768 , Asso:215769 , Asso:215770 . Chr.3 : Asso:215771 , Asso:215772 , Asso:215773 , Asso:215774 . Chr.4 : Asso:215775 , Asso:215776 . Chr.6 : Asso:215777 , Asso:215778 . Chr.7 : Asso:215781 , Asso:215782 . Chr.9 : Asso:215783 , Asso:215786 . Chr.13 : Asso:215787 , Asso:215788 , Asso:215789 , Asso:215790 , Asso:215791 , Asso:215792 , Asso:215793 , Asso:215794 , Asso:215795 , Asso:215796 , Asso:215797 , Asso:215798 , Asso:215799 , Asso:215800 , Asso:215801 , Asso:215802 , Asso:215803 , Asso:215804 , Asso:215805 , Asso:215806 , Asso:215807 .
QTL for Plasma droplet rate reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:215766 .
QTL for Sperm straight-line velocity reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:215811 , Asso:215860 , Asso:215924 , Asso:215933 , Asso:215942 , Asso:215946 , Asso:215950 , Asso:215960 , Asso:215973 , Asso:215981 , Asso:215984 , Asso:215990 , Asso:215998 , Asso:216005 , Asso:216028 , Asso:216032 , Asso:216045 , Asso:216050 , Asso:216061 , Asso:216078 , Asso:216083 , Asso:216086 , Asso:216096 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Number of gene-based eQTL/associations: