Authors: Tribout T, Croiseau P, Lefebvre R, Barbat A, Boussaha M, Fritz S, Boichard D, Hoze C, Sanchez MP
(Contact: marie-pierre.sanchez@inrae.fr ) Affiliation: Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France Title: Confirmed effects of candidate variants for milk production, udder health, and udder morphology in dairy cattle Journal: Genetics, Selection, Evolution : GSE, 52(1): 55 (2020)
DOI :
10.1186/s12711-020-00575-1 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Milk protein percentage
Chr.3 : Asso:214725 , Asso:214726 , Asso:214727 , Asso:214809 , Asso:214810 , Asso:214811 . Chr.4 : Asso:214728 , Asso:214812 . Chr.5 : Asso:214736 , Asso:214737 , Asso:214820 , Asso:214821 . Chr.6 : Asso:214739 , Asso:214740 , Asso:214742 , Asso:214743 , Asso:214744 , Asso:214745 , Asso:214823 , Asso:214824 , Asso:214826 , Asso:214827 , Asso:214828 , Asso:214829 . Chr.14 : Asso:214749 , Asso:214757 , Asso:214761 , Asso:214833 , Asso:214841 , Asso:214845 . Chr.15 : Asso:214762 , Asso:214846 . Chr.16 : Asso:214763 , Asso:214847 . Chr.20 : Asso:214768 , Asso:214769 , Asso:214852 , Asso:214853 . Chr.22 : Asso:214772 , Asso:214856 . Chr.29 : Asso:214776 , Asso:214777 , Asso:214860 , Asso:214861 .
QTL for Milk fat percentage
Chr.5 : Asso:214729 , Asso:214731 , Asso:214732 , Asso:214734 , Asso:214813 , Asso:214815 , Asso:214816 , Asso:214818 . Chr.6 : Asso:214738 , Asso:214822 . Chr.11 : Asso:214746 , Asso:214830 . Chr.14 : Asso:214747 , Asso:214750 , Asso:214753 , Asso:214758 , Asso:214759 , Asso:214831 , Asso:214834 , Asso:214837 , Asso:214842 , Asso:214843 . Chr.19 : Asso:214764 , Asso:214848 . Chr.20 : Asso:214771 , Asso:214855 . Chr.27 : Asso:214773 , Asso:214774 , Asso:214775 , Asso:214857 , Asso:214858 , Asso:214859 .
QTL for Milk protein yield
Chr.5 : Asso:214730 , Asso:214814 . Chr.6 : Asso:214741 , Asso:214825 . Chr.14 : Asso:214756 , Asso:214840 . Chr.20 : Asso:214767 , Asso:214851 .
QTL for Milk fat yield
Chr.5 : Asso:214733 , Asso:214817 . Chr.14 : Asso:214748 , Asso:214752 , Asso:214755 , Asso:214832 , Asso:214836 , Asso:214839 . Chr.19 : Asso:214765 , Asso:214849 . Chr.20 : Asso:214766 , Asso:214850 .
QTL for Milk yield
Chr.5 : Asso:214735 , Asso:214819 . Chr.14 : Asso:214751 , Asso:214754 , Asso:214760 , Asso:214835 , Asso:214838 , Asso:214844 . Chr.20 : Asso:214770 , Asso:214854 .
QTL for Udder cleft
Chr.1 : Asso:214778 , Asso:214862 . Chr.17 : Asso:214796 , Asso:214797 , Asso:214878 , Asso:214879 .
QTL for Udder height
Chr.2 : Asso:214779 , Asso:214863 . Chr.6 : Asso:214785 , Asso:214869 . Chr.14 : Asso:214794 , Asso:214876 . Chr.24 : Asso:214804 , Asso:214886 .
QTL for Udder depth
Chr.4 : Asso:214780 , Asso:214864 . Chr.5 : Asso:214783 , Asso:214867 . Chr.6 : Asso:214786 , Asso:214789 , Asso:214870 , Asso:214872 . Chr.19 : Asso:214800 , Asso:214882 . Chr.29 : Asso:214806 , Asso:214888 .
QTL for Teat placement
Chr.4 : Asso:214781 , Asso:214865 . Chr.8 : Asso:214790 , Asso:214873 .
QTL for Teat length
Chr.5 : Asso:214782 , Asso:214866 .
QTL for Udder attachment
Chr.5 : Asso:214784 , Asso:214868 . Chr.17 : Asso:214795 , Asso:214877 . Chr.20 : Asso:214802 , Asso:214884 .
QTL for Somatic cell score
Chr.6 : Asso:214788 , Asso:214871 . Chr.9 : Asso:214791 , Asso:214792 , Asso:214793 , Asso:214874 , Asso:214875 . Chr.29 : Asso:214807 , Asso:214889 .
QTL for Milking speed
Chr.19 : Asso:214798 , Asso:214799 , Asso:214801 , Asso:214880 , Asso:214881 , Asso:214883 . Chr.28 : Asso:214805 , Asso:214887 .
QTL for Udder balance
Chr.24 : Asso:214803 , Asso:214885 . Chr.29 : Asso:214808 , Asso:214890 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (2) ,
Chr.2 (2) ,
Chr.3 (6) ,
Chr.4 (6) ,
Chr.5 (24) ,
Chr.6 (24) ,
Chr.8 (2) ,
Chr.9 (5) ,
Chr.11 (2) ,
Chr.14 (32) ,
Chr.15 (2) ,
Chr.16 (2) ,
Chr.17 (6) ,
Chr.19 (12) ,
Chr.20 (14) ,
Chr.22 (2) ,
Chr.24 (4) ,
Chr.27 (6) ,
Chr.28 (2) ,
Chr.29 (10) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Tribout T, Croiseau P, Lefebvre R, Barbat A, Boussaha M, Fritz S, Boichard D, Hoze C, Sanchez MP (2020). Confirmed effects of candidate variants for milk production, udder health, and udder morphology in dairy cattle. Genetics, Selection, Evolution : GSE, 52(1): 55;
Curated into QTLdb on 2020-11-18. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=IdCo1S3LaH
OR
Tribout T, Croiseau P, Lefebvre R, Barbat A, Boussaha M, Fritz S, Boichard D, Hoze C, Sanchez MP (2020). Confirmed effects of candidate variants for milk production, udder health, and udder morphology in dairy cattle. Genetics, Selection, Evolution : GSE, 52(1): 55; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/s12711-020-00575-1
