Authors: Yang T, Luo H, Lou W, Chang Y, Brito LF, Zhang H, Ma L, Hu L, Wang A, Li S, Guo G, Wang Y
(Contact: wangyachun@cau.edu.cn ) Affiliation: State Key Laboratory of Animal Biotech Breeding, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China Title: Genetic background of hematological parameters in Holstein cattle based on genome-wide association and RNA sequencing analyses Journal: Journal Of Dairy Science, 107(7): 4772-4792 (2024)
DOI :
10.3168/jds.2023-24345 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Granulocyte percentage
Chr.1 : Asso:300949 , Asso:301097 . Chr.2 : Asso:301019 , Asso:301020 , Asso:301021 , Asso:301046 . Chr.4 : Asso:301012 , Asso:301094 . Chr.6 : Asso:300947 , Asso:301078 , Asso:301113 . Chr.8 : Asso:301076 , Asso:301083 . Chr.9 : Asso:301008 . Chr.11 : Asso:300943 . Chr.12 : Asso:300960 , Asso:300972 , Asso:300985 . Chr.17 : Asso:300962 . Chr.21 : Asso:300958 . Chr.23 : Asso:301040 . Chr.25 : Asso:301069 , Asso:301141 .
QTL for Hemoglobin
Chr.12 : Asso:300997 , Asso:301045 , Asso:301129 . Chr.13 : Asso:300944 , Asso:301027 , Asso:301111 . Chr.18 : Asso:301068 . Chr.19 : Asso:301089 . Chr.26 : Asso:301043 .
QTL for Mean corpuscular volume
Chr.1 : Asso:301035 . Chr.3 : Asso:300945 , Asso:300946 , Asso:300970 , Asso:300982 , Asso:301011 , Asso:301031 . Chr.9 : Asso:301123 . Chr.10 : Asso:300952 , Asso:300988 , Asso:301053 , Asso:301124 . Chr.13 : Asso:301028 . Chr.21 : Asso:301051 , Asso:301052 . Chr.23 : Asso:301122 . Chr.26 : Asso:301015 , Asso:301016 , Asso:301017 .
QTL for Monocyte, eosinophil, and basophil number
Chr.3 : Asso:301065 . Chr.4 : Asso:300951 . Chr.7 : Asso:301116 . Chr.8 : Asso:300948 , Asso:300983 , Asso:300986 , Asso:300994 , Asso:300995 , Asso:301102 , Asso:301105 . Chr.11 : Asso:301010 . Chr.18 : Asso:301064 . Chr.22 : Asso:300956 . Chr.24 : Asso:301003 .
QTL for Peripheral blood mononuclear cell percentage
Chr.2 : Asso:301038 . Chr.7 : Asso:301037 , Asso:301061 . Chr.9 : Asso:300950 , Asso:301090 . Chr.29 : Asso:301054 .
QTL for Mean corpuscular hemoglobin concentration
Chr.4 : Asso:300957 . Chr.5 : Asso:301036 , Asso:301081 . Chr.9 : Asso:301114 . Chr.13 : Asso:301132 . Chr.15 : Asso:300963 . Chr.16 : Asso:300953 . Chr.17 : Asso:300999 , Asso:301121 , Asso:301133 . Chr.19 : Asso:300987 . Chr.20 : Asso:301022 . Chr.27 : Asso:300966 .
QTL for Lymphocyte percentage
Chr.2 : Asso:300965 . Chr.4 : Asso:300954 , Asso:300977 , Asso:300978 , Asso:301023 , Asso:301042 , Asso:301055 , Asso:301104 . Chr.5 : Asso:300998 , Asso:301050 . Chr.8 : Asso:300959 , Asso:301018 , Asso:301034 . Chr.22 : Asso:301079 . Chr.27 : Asso:301139 . Chr.28 : Asso:300961 .
QTL for Mean platelet volume
Chr.1 : Asso:301092 . Chr.8 : Asso:300955 , Asso:301029 , Asso:301056 , Asso:301057 , Asso:301059 , Asso:301060 , Asso:301070 , Asso:301086 , Asso:301087 , Asso:301091 , Asso:301101 . Chr.12 : Asso:301071 . Chr.24 : Asso:301093 .
QTL for Hematocrit
Chr.3 : Asso:301039 , Asso:301063 , Asso:301066 . Chr.4 : Asso:301006 . Chr.6 : Asso:301032 . Chr.7 : Asso:301117 . Chr.8 : Asso:300992 . Chr.9 : Asso:300996 , Asso:301014 , Asso:301084 . Chr.11 : Asso:300990 . Chr.12 : Asso:300964 , Asso:301009 . Chr.18 : Asso:301085 , Asso:301135 . Chr.19 : Asso:301013 , Asso:301025 , Asso:301030 , Asso:301118 . Chr.20 : Asso:301067 , Asso:301100 . Chr.21 : Asso:301131 , Asso:301134 . Chr.24 : Asso:300973 , Asso:301080 , Asso:301127 , Asso:301130 . Chr.25 : Asso:301137 . Chr.29 : Asso:301103 .
QTL for Red blood cell number
Chr.1 : Asso:301077 . Chr.6 : Asso:300967 , Asso:300968 , Asso:300979 , Asso:300980 , Asso:300989 , Asso:301001 , Asso:301024 , Asso:301044 , Asso:301047 , Asso:301098 . Chr.11 : Asso:300993 .
QTL for Platelet number
Chr.3 : Asso:301088 . Chr.4 : Asso:301108 . Chr.5 : Asso:300984 , Asso:300991 . Chr.11 : Asso:300969 , Asso:301075 . Chr.28 : Asso:300974 . Chr.29 : Asso:301109 , Asso:301140 .
QTL for Granulocyte number
Chr.6 : Asso:300975 , Asso:300976 , Asso:301002 , Asso:301041 , Asso:301107 . Chr.11 : Asso:301120 . Chr.15 : Asso:300971 , Asso:301062 , Asso:301110 , Asso:301128 . Chr.22 : Asso:301125 .
QTL for White blood cell number
Chr.3 : Asso:301026 , Asso:301072 , Asso:301073 , Asso:301074 , Asso:301082 . Chr.6 : Asso:301096 , Asso:301115 . Chr.8 : Asso:301049 . Chr.21 : Asso:301136 . Chr.24 : Asso:301004 , Asso:301005 , Asso:301112 . Chr.30 : Asso:300981 .
QTL for Platelet distribution width
Chr.4 : Asso:301106 . Chr.7 : Asso:301058 . Chr.17 : Asso:301000 . Chr.27 : Asso:301007 , Asso:301048 , Asso:301095 .
QTL for Mean corpuscular hemoglobin content
Chr.1 : Asso:301033 . Chr.16 : Asso:301099 . Chr.20 : Asso:301126 .
QTL for Platelet-large cell ratio
Chr.27 : Asso:301119 . Chr.28 : Asso:301138 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (6) ,
Chr.2 (6) ,
Chr.3 (16) ,
Chr.4 (14) ,
Chr.5 (6) ,
Chr.6 (21) ,
Chr.7 (5) ,
Chr.8 (25) ,
Chr.9 (8) ,
Chr.10 (4) ,
Chr.11 (7) ,
Chr.12 (9) ,
Chr.13 (5) ,
Chr.15 (5) ,
Chr.16 (2) ,
Chr.17 (5) ,
Chr.18 (4) ,
Chr.19 (6) ,
Chr.20 (4) ,
Chr.21 (6) ,
Chr.22 (3) ,
Chr.23 (2) ,
Chr.24 (9) ,
Chr.25 (3) ,
Chr.26 (4) ,
Chr.27 (6) ,
Chr.28 (3) ,
Chr.29 (4) ,
Chr.30 (1) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Yang T, Luo H, Lou W, Chang Y, Brito LF, Zhang H, Ma L, Hu L, Wang A, Li S, Guo G, Wang Y (2024). Genetic background of hematological parameters in Holstein cattle based on genome-wide association and RNA sequencing analyses. Journal of dairy science, 107(7): 4772-4792;
Curated into QTLdb on 2024-08-14. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=MiQy1T7MrX
OR
Yang T, Luo H, Lou W, Chang Y, Brito LF, Zhang H, Ma L, Hu L, Wang A, Li S, Guo G, Wang Y (2024). Genetic background of hematological parameters in Holstein cattle based on genome-wide association and RNA sequencing analyses. Journal of dairy science, 107(7): 4772-4792; DOI: https://dx.doi.org/10.3168/jds.2023-24345
