Authors: Zhou C, Li C, Cai W, Liu S, Yin H, Shi S, Zhang Q, Zhang S
(Contact: zhangslcau@cau.edu.cn ) Affiliation: Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction, Ministry of Agriculture & National Engineering Laboratory for Animal Breeding, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China Title: Genome-Wide Association Study for Milk Protein Composition Traits in a Chinese Holstein Population Using a Single-Step Approach Journal: Frontiers In Genetics, 10: 72 (2019)
DOI :
10.3389/fgene.2019.00072 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Milk alpha-lactalbumin percentage
Chr.3 : Asso:168465 , Asso:168469 , Asso:168484 , Asso:168489 , QTL:168744 , QTL:168745 , QTL:168746 . Chr.4 : Asso:168475 . Chr.5 : Asso:168464 , Asso:168468 , Asso:168486 , QTL:168747 , QTL:168748 , QTL:168749 , QTL:168750 , QTL:168751 . Chr.8 : Asso:168480 , Asso:168481 . Chr.11 : Asso:168466 , Asso:168474 , Asso:168476 , Asso:168477 , Asso:168485 , Asso:168488 , Asso:168490 , QTL:168752 , QTL:168753 , QTL:168754 , QTL:168755 , QTL:168756 , QTL:168757 , QTL:168758 , QTL:168759 , QTL:168760 , QTL:168761 . Chr.12 : Asso:168467 , Asso:168472 , Asso:168473 , Asso:168479 , Asso:168487 , QTL:168762 , QTL:168763 . Chr.14 : Asso:168470 , QTL:168764 . Chr.17 : QTL:168765 . Chr.19 : Asso:168483 . Chr.23 : Asso:168471 , Asso:168478 , Asso:168482 . Chr.28 : Asso:168491 .
QTL for Milk alpha-S1-casein percentage
Chr.X : Asso:168515 , QTL:168679 . Chr.1 : Asso:168494 , Asso:168506 , Asso:168510 , QTL:168658 , QTL:168659 , QTL:168660 . Chr.3 : Asso:168514 , Asso:168517 , Asso:168519 . Chr.6 : QTL:168661 , QTL:168662 , QTL:168663 , QTL:168664 , QTL:168665 . Chr.7 : Asso:168492 , Asso:168495 , Asso:168498 , Asso:168501 , Asso:168516 , Asso:168518 , Asso:168520 , QTL:168666 , QTL:168667 , QTL:168668 , QTL:168669 . Chr.9 : QTL:168670 . Chr.10 : Asso:168499 , Asso:168504 , Asso:168505 . Chr.11 : QTL:168671 . Chr.12 : Asso:168493 , Asso:168513 . Chr.13 : Asso:168497 , Asso:168500 , Asso:168503 , Asso:168508 , Asso:168512 , QTL:168672 , QTL:168673 , QTL:168674 , QTL:168675 , QTL:168676 . Chr.14 : Asso:168496 . Chr.16 : Asso:168509 . Chr.18 : Asso:168502 , Asso:168507 , Asso:168511 , QTL:168677 , QTL:168678 .
QTL for Milk alpha-S2-casein percentage
Chr.1 : Asso:168521 , Asso:168524 , QTL:168680 , QTL:168681 . Chr.3 : Asso:168529 , Asso:168534 . Chr.6 : QTL:168682 . Chr.7 : QTL:168683 , QTL:168684 . Chr.9 : QTL:168685 . Chr.10 : Asso:168523 , Asso:168525 , Asso:168527 . Chr.11 : Asso:168532 . Chr.12 : Asso:168528 . Chr.13 : QTL:168686 , QTL:168687 , QTL:168688 . Chr.14 : Asso:168522 , Asso:168526 , Asso:168530 , Asso:168531 , Asso:168533 , QTL:168689 , QTL:168690 , QTL:168691 . Chr.18 : QTL:168692 .
QTL for Milk beta-casein percentage
Chr.1 : Asso:168536 , Asso:168543 , Asso:168552 , Asso:168554 , QTL:168693 , QTL:168694 . Chr.3 : Asso:168542 . Chr.6 : Asso:168541 , Asso:168547 , Asso:168551 , QTL:168695 . Chr.7 : QTL:168696 , QTL:168697 , QTL:168698 , QTL:168699 . Chr.10 : Asso:168540 , Asso:168545 , Asso:168548 , Asso:168550 , Asso:168700 . Chr.11 : QTL:168701 . Chr.12 : Asso:168546 . Chr.13 : Asso:168538 , Asso:168544 , QTL:168702 , QTL:168703 , QTL:168704 . Chr.14 : Asso:168537 . Chr.15 : QTL:168705 . Chr.16 : Asso:168539 , Asso:168553 . Chr.21 : Asso:168535 , Asso:168549 , QTL:168706 , QTL:168707 , QTL:168708 , QTL:168709 , QTL:168710 , QTL:168711 , QTL:168712 , QTL:168713 , QTL:168714 , QTL:168715 , QTL:168716 , QTL:168717 .
QTL for Milk beta-lactoglobulin percentage
Chr.X : QTL:168776 . Chr.1 : Asso:168564 , QTL:168766 , QTL:168767 , QTL:168768 , QTL:168769 , QTL:168770 , QTL:168771 . Chr.2 : Asso:168558 . Chr.4 : Asso:168559 , Asso:168563 , Asso:168566 . Chr.6 : QTL:168772 . Chr.8 : Asso:168567 . Chr.9 : Asso:168557 , Asso:168561 , QTL:168773 , QTL:168774 . Chr.22 : Asso:168555 , Asso:168556 , Asso:168560 , Asso:168562 , Asso:168565 , QTL:168775 .
QTL for Milk casein index
Chr.1 : Asso:168580 , Asso:168587 , Asso:168589 , QTL:168777 , QTL:168778 . Chr.2 : Asso:168577 . Chr.3 : Asso:168579 , Asso:168591 . Chr.4 : Asso:168576 , Asso:168584 . Chr.6 : QTL:168779 , QTL:168780 , QTL:168781 , QTL:168782 . Chr.7 : Asso:168569 . Chr.8 : QTL:168783 , QTL:168784 . Chr.9 : Asso:168568 , Asso:168573 , Asso:168578 , Asso:168581 , Asso:168588 , QTL:168785 , QTL:168786 . Chr.10 : Asso:168571 , Asso:168575 , Asso:168585 . Chr.12 : Asso:168570 , Asso:168583 . Chr.14 : Asso:168572 , Asso:168590 , QTL:168787 , QTL:168788 . Chr.16 : QTL:168789 . Chr.17 : QTL:168790 . Chr.18 : Asso:168574 . Chr.19 : Asso:168582 . Chr.22 : QTL:168791 . Chr.26 : Asso:168586 , QTL:168792 , QTL:168793 , QTL:168794 .
QTL for Milk kappa-casein percentage
Chr.1 : Asso:168600 , Asso:168607 , Asso:168612 , Asso:168615 , QTL:168728 , QTL:168729 . Chr.2 : Asso:168614 . Chr.3 : Asso:168606 . Chr.5 : Asso:168595 . Chr.6 : Asso:168593 , Asso:168602 , Asso:168603 , Asso:168609 , QTL:168730 , QTL:168731 , QTL:168732 . Chr.7 : QTL:168733 , QTL:168734 , QTL:168735 , QTL:168736 . Chr.8 : QTL:168737 . Chr.11 : Asso:168592 , Asso:168594 , Asso:168598 , Asso:168604 , Asso:168605 , Asso:168610 , Asso:168611 , Asso:168613 , QTL:168738 , QTL:168739 , QTL:168740 , QTL:168741 , QTL:168742 . Chr.14 : Asso:168596 . Chr.15 : Asso:168599 , Asso:168601 . Chr.16 : Asso:168597 , Asso:168608 . Chr.18 : QTL:168743 .
QTL for Milk protein percentage
Chr.1 : Asso:168630 , Asso:168631 . Chr.3 : Asso:168633 , QTL:168795 , QTL:168796 , QTL:168797 , QTL:168798 , QTL:168799 , QTL:168800 , QTL:168801 . Chr.4 : Asso:168622 , Asso:168627 . Chr.5 : Asso:168625 , Asso:168636 , QTL:168802 . Chr.7 : Asso:168617 , Asso:168621 , Asso:168623 , Asso:168632 , Asso:168637 , QTL:168803 , QTL:168804 , QTL:168805 , QTL:168806 , QTL:168807 , QTL:168808 , QTL:168809 , QTL:168810 , QTL:168811 , QTL:168812 , QTL:168813 , QTL:168814 , QTL:168815 . Chr.14 : Asso:168616 , Asso:168618 , Asso:168620 , Asso:168626 , Asso:168628 , QTL:168816 , QTL:168817 . Chr.18 : QTL:168818 , QTL:168819 . Chr.20 : QTL:168820 , QTL:168821 . Chr.21 : Asso:168635 . Chr.27 : Asso:168634 . Chr.29 : Asso:168619 , Asso:168624 , Asso:168629 , QTL:168822 , QTL:168823 , QTL:168824 , QTL:168825 , QTL:168826 .
QTL for Milk protein yield
Chr.1 : Asso:168644 , Asso:168653 , Asso:168656 , QTL:168827 , QTL:168828 , QTL:168829 , QTL:168830 . Chr.2 : Asso:168638 , Asso:168640 , Asso:168650 , Asso:168652 , QTL:168831 , QTL:168832 , QTL:168833 , QTL:168834 . Chr.6 : QTL:168835 . Chr.7 : Asso:168654 , QTL:168836 , QTL:168837 , QTL:168838 , QTL:168839 . Chr.10 : Asso:168648 . Chr.13 : Asso:168641 , Asso:168645 , Asso:168657 , QTL:168840 , QTL:168841 . Chr.14 : Asso:168642 . Chr.15 : Asso:168651 . Chr.18 : Asso:168643 , Asso:168646 , Asso:168647 , Asso:168649 , Asso:168655 , QTL:168843 , QTL:168842 , QTL:168844 , QTL:168845 , QTL:168846 , QTL:168847 , QTL:168848 , QTL:168849 . Chr.20 : Asso:168639 . Chr.23 : QTL:168850 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (3) ,
Chr.1 (43) ,
Chr.2 (11) ,
Chr.3 (24) ,
Chr.4 (8) ,
Chr.5 (12) ,
Chr.6 (23) ,
Chr.7 (45) ,
Chr.8 (6) ,
Chr.9 (13) ,
Chr.10 (15) ,
Chr.11 (33) ,
Chr.12 (13) ,
Chr.13 (23) ,
Chr.14 (25) ,
Chr.15 (4) ,
Chr.16 (6) ,
Chr.17 (2) ,
Chr.18 (23) ,
Chr.19 (2) ,
Chr.20 (3) ,
Chr.21 (15) ,
Chr.22 (7) ,
Chr.23 (4) ,
Chr.26 (4) ,
Chr.27 (1) ,
Chr.28 (1) ,
Chr.29 (8) .
Number of gene-based eQTL/associations:
