Authors: Cochran SD, Cole JB, Null DJ, Hansen PJ
(Contact: hansen@animal.ufl.edu ) Affiliation: Department of Animal Sciences, D.H. Barron Reproductive and Perinatal Biology Research Program, and Genetics Institute, University of Florida, Gainesville, FL 32611-0910, USA Title: Discovery of single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with fertility and production traits in Holstein cattle Journal: BMC Genetics, 14: 49 (2013)
DOI :
10.1186/1471-2156-14-49 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Pregnancy rate
Chr.1 : Asso:57131 . Chr.2 : Asso:57102 . Chr.3 : Asso:57120 , Asso:57135 . Chr.5 : Asso:57112 . Chr.6 : Asso:57130 . Chr.7 : Asso:57103 , Asso:57105 , Asso:57107 . Chr.9 : Asso:57096 . Chr.10 : Asso:57097 . Chr.13 : Asso:57108 . Chr.14 : Asso:57111 , Asso:57113 . Chr.15 : Asso:57098 , Asso:57114 , Asso:57119 , Asso:57126 . Chr.16 : Asso:57116 . Chr.17 : Asso:57101 . Chr.18 : Asso:57100 , Asso:57109 , Asso:57110 , Asso:57117 , Asso:57123 , Asso:57128 . Chr.20 : Asso:57129 . Chr.22 : Asso:57104 . Chr.23 : Asso:57118 , Asso:57127 . Chr.24 : Asso:57115 . Chr.25 : Asso:57099 , Asso:57132 , Asso:57133 , Asso:57134 , Asso:57136 . Chr.26 : Asso:57122 . Chr.28 : Asso:57121 . Chr.29 : Asso:57106 , Asso:57124 , Asso:57125 .
QTL for Conception rate
Chr.1 : Asso:57152 . Chr.2 : Asso:57149 , Asso:57171 . Chr.3 : Asso:57144 , Asso:57160 , Asso:57174 . Chr.5 : Asso:57156 . Chr.6 : Asso:57143 , Asso:57167 . Chr.7 : Asso:57150 . Chr.9 : Asso:57145 . Chr.10 : Asso:57146 . Chr.11 : Asso:57175 . Chr.13 : Asso:57148 . Chr.14 : Asso:57155 , Asso:57157 . Chr.15 : Asso:57139 , Asso:57147 , Asso:57164 . Chr.18 : Asso:57153 , Asso:57154 , Asso:57158 , Asso:57163 . Chr.19 : Asso:57170 . Chr.20 : Asso:57166 . Chr.22 : Asso:57138 , Asso:57140 . Chr.23 : Asso:57159 , Asso:57165 . Chr.25 : Asso:57137 , Asso:57168 , Asso:57169 , Asso:57173 , Asso:57176 . Chr.26 : Asso:57162 , Asso:57172 . Chr.28 : Asso:57141 , Asso:57161 . Chr.29 : Asso:57142 , Asso:57151 .
QTL for Length of productive life
Chr.1 : Asso:57202 . Chr.3 : Asso:57192 , Asso:57207 . Chr.5 : Asso:57191 . Chr.6 : Asso:57193 , Asso:57201 . Chr.9 : Asso:57177 . Chr.10 : Asso:57178 . Chr.11 : Asso:57187 , Asso:57195 , Asso:57208 . Chr.13 : Asso:57181 . Chr.14 : Asso:57184 . Chr.15 : Asso:57185 , Asso:57190 , Asso:57199 . Chr.18 : Asso:57182 , Asso:57183 , Asso:57188 , Asso:57197 . Chr.20 : Asso:57200 . Chr.23 : Asso:57189 . Chr.24 : Asso:57186 . Chr.25 : Asso:57179 , Asso:57203 , Asso:57204 , Asso:57206 , Asso:57209 . Chr.26 : Asso:57196 . Chr.28 : Asso:57194 . Chr.29 : Asso:57180 , Asso:57198 , Asso:57205 .
QTL for Net merit
Chr.1 : Asso:57214 , Asso:57234 . Chr.3 : Asso:57215 , Asso:57238 . Chr.5 : Asso:57218 , Asso:57224 . Chr.6 : Asso:57217 , Asso:57225 , Asso:57233 . Chr.9 : Asso:57210 . Chr.10 : Asso:57211 . Chr.11 : Asso:57220 , Asso:57227 . Chr.13 : Asso:57216 . Chr.15 : Asso:57219 , Asso:57223 , Asso:57229 , Asso:57231 . Chr.17 : Asso:57213 . Chr.18 : Asso:57222 , Asso:57228 . Chr.20 : Asso:57221 , Asso:57232 . Chr.25 : Asso:57212 , Asso:57235 , Asso:57236 , Asso:57237 . Chr.28 : Asso:57226 . Chr.29 : Asso:57230 .
QTL for Milk yield
Chr.1 : Asso:57245 . Chr.3 : Asso:57247 . Chr.6 : Asso:57249 . Chr.7 : Asso:57241 , Asso:57242 . Chr.13 : Asso:57239 . Chr.14 : Asso:57243 . Chr.15 : Asso:57244 , Asso:57250 . Chr.16 : Asso:57246 . Chr.18 : Asso:57248 . Chr.22 : Asso:57240 .
QTL for Milk fat yield
Chr.6 : Asso:57254 . Chr.7 : Asso:57251 , Asso:57252 . Chr.14 : Asso:57253 .
QTL for Milk fat percentage
Chr.3 : Asso:57255 , Asso:57263 , Asso:57264 . Chr.8 : Asso:57259 . Chr.14 : Asso:57256 . Chr.15 : Asso:57257 . Chr.16 : Asso:57258 . Chr.19 : Asso:57262 . Chr.20 : Asso:57261 . Chr.29 : Asso:57260 .
QTL for Milk protein yield
Chr.1 : Asso:57269 . Chr.3 : Asso:57272 . Chr.5 : Asso:57268 . Chr.6 : Asso:57275 . Chr.7 : Asso:57266 , Asso:57267 . Chr.10 : Asso:57271 . Chr.13 : Asso:57265 . Chr.15 : Asso:57276 . Chr.18 : Asso:57274 . Chr.20 : Asso:57270 . Chr.23 : Asso:57273 . Chr.25 : Asso:57277 .
QTL for Milk protein percentage
Chr.3 : Asso:57281 , Asso:57285 . Chr.6 : Asso:57284 . Chr.14 : Asso:57279 . Chr.16 : Asso:57280 . Chr.18 : Asso:57278 , Asso:57282 . Chr.29 : Asso:57283 .
QTL for Somatic cell score
Chr.3 : Asso:57286 . Chr.5 : Asso:57294 . Chr.14 : Asso:57288 . Chr.18 : Asso:57287 . Chr.19 : Asso:57293 . Chr.20 : Asso:57290 . Chr.23 : Asso:57291 . Chr.24 : Asso:57289 . Chr.25 : Asso:57292 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (7) ,
Chr.2 (3) ,
Chr.3 (17) ,
Chr.5 (7) ,
Chr.6 (12) ,
Chr.7 (10) ,
Chr.8 (1) ,
Chr.9 (4) ,
Chr.10 (5) ,
Chr.11 (6) ,
Chr.13 (6) ,
Chr.14 (10) ,
Chr.15 (18) ,
Chr.16 (4) ,
Chr.17 (2) ,
Chr.18 (21) ,
Chr.19 (3) ,
Chr.20 (8) ,
Chr.22 (4) ,
Chr.23 (7) ,
Chr.24 (3) ,
Chr.25 (21) ,
Chr.26 (4) ,
Chr.28 (5) ,
Chr.29 (11) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Cochran SD, Cole JB, Null DJ, Hansen PJ (2013). Discovery of single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with fertility and production traits in Holstein cattle. BMC genetics, 14: 49;
Curated into QTLdb on 2015-08-07. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=TaXq7X8HxZ
OR
Cochran SD, Cole JB, Null DJ, Hansen PJ (2013). Discovery of single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with fertility and production traits in Holstein cattle. BMC genetics, 14: 49; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/1471-2156-14-49
