Authors: Marete AG, Guldbrandtsen B, Lund MS, Fritz S, Sahana G, Boichard D
(Contact: didier.boichard@inra.fr ) Affiliation: UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy en Josas, France Title: A Meta-Analysis Including Pre-selected Sequence Variants Associated With Seven Traits in Three French Dairy Cattle Populations Journal: Frontiers In Genetics, 9: 522 (2018)
DOI :
10.3389/fgene.2018.00522 Links:
PubMed | Abstract
| Copy data link
( Related study: none )
Click on each trait to browse further along the related trait ontology tree
Click on each chromosome number to find the detailed QTL information on that chromosome
Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Milk yield
Chr.2 : Asso:166353 , Asso:166354 , Asso:166355 , Asso:166387 , Asso:166388 . Chr.3 : Asso:166356 , Asso:166357 , Asso:166358 , Asso:166389 , Asso:166390 , Asso:166391 . Chr.7 : Asso:166359 , Asso:166360 , Asso:166361 , Asso:166392 , Asso:166393 , Asso:166394 . Chr.8 : Asso:166362 , Asso:166363 , Asso:166364 , Asso:166395 , Asso:166396 , Asso:166397 . Chr.9 : Asso:166365 , Asso:166398 . Chr.10 : Asso:166366 , Asso:166367 , Asso:166368 , Asso:166399 , Asso:166400 , Asso:166401 . Chr.11 : Asso:166369 , Asso:166402 . Chr.13 : Asso:166370 , Asso:166403 . Chr.14 : Asso:166371 , Asso:166372 , Asso:166404 , Asso:166405 , Asso:166406 , Asso:166407 , Asso:166408 , Asso:166409 . Chr.15 : Asso:166373 , Asso:166410 . Chr.16 : QTL:166374 , Asso:166375 , Asso:166376 , Asso:166377 , Asso:166411 , Asso:166412 , Asso:166413 , Asso:166414 . Chr.17 : Asso:166378 , Asso:166379 , Asso:166415 , Asso:166416 . Chr.19 : Asso:166380 , Asso:166381 , Asso:166417 , Asso:166418 . Chr.20 : Asso:166382 , Asso:166419 . Chr.23 : Asso:166383 , Asso:166384 , Asso:166420 , Asso:166421 . Chr.26 : Asso:166385 , Asso:166386 , Asso:166422 , Asso:166423 , Asso:166424 , Asso:166425 .
QTL for Stature
Chr.2 : Asso:166426 , Asso:166427 . Chr.7 : Asso:166428 , Asso:166429 , Asso:166430 , Asso:166431 , Asso:166432 . Chr.9 : Asso:166433 , Asso:166434 , Asso:166435 , Asso:166436 . Chr.10 : Asso:166437 , Asso:166438 , Asso:166439 , Asso:166440 . Chr.12 : Asso:166441 , Asso:166442 , Asso:166443 . Chr.13 : Asso:166444 , Asso:166445 , Asso:166446 . Chr.14 : Asso:166447 , Asso:166448 . Chr.19 : Asso:166449 , Asso:166450 , Asso:166451 , Asso:166452 , Asso:166453 . Chr.20 : Asso:166454 , Asso:166455 , Asso:166456 , Asso:166457 . Chr.21 : Asso:166458 , Asso:166459 . Chr.26 : Asso:166460 , Asso:166461 , Asso:166462 .
QTL for Milk fat content
Chr.2 : Asso:166463 , Asso:166464 , Asso:166466 , Asso:166470 , Asso:167565 , Asso:167567 . Chr.3 : Asso:166473 , Asso:166474 , Asso:166475 . Chr.5 : Asso:166484 , Asso:167569 . Chr.7 : Asso:166485 , Asso:166486 , Asso:166491 , Asso:166492 . Chr.8 : Asso:166493 , Asso:166494 , Asso:166496 , Asso:166497 , Asso:166498 , Asso:167571 . Chr.9 : Asso:166500 , Asso:166503 , Asso:166504 , Asso:167573 . Chr.10 : Asso:166505 , Asso:166506 , Asso:166507 . Chr.11 : Asso:166508 , Asso:166509 , Asso:166510 , Asso:166512 , Asso:166513 , Asso:166514 , Asso:166515 , Asso:166516 , Asso:167575 , Asso:167577 . Chr.12 : Asso:166517 , Asso:166518 , Asso:166519 . Chr.13 : Asso:166520 , Asso:166521 , Asso:166522 . Chr.14 : Asso:166524 , Asso:166526 , Asso:166527 , Asso:166528 , Asso:166529 , Asso:166530 , Asso:166531 , Asso:167579 , Asso:167581 , Asso:167583 , Asso:167585 , Asso:167587 , Asso:167589 . Chr.15 : Asso:166532 , Asso:166533 , Asso:166534 , Asso:166536 , Asso:167591 . Chr.16 : Asso:166538 , Asso:167593 , Asso:167595 . Chr.18 : Asso:166544 , Asso:167597 , Asso:167599 . Chr.19 : Asso:166545 , Asso:166546 , Asso:166548 , Asso:167601 , Asso:167603 . Chr.20 : Asso:166550 , Asso:166552 , Asso:167605 , Asso:167607 . Chr.23 : Asso:166553 , Asso:166554 , Asso:166555 . Chr.24 : Asso:166556 , Asso:166557 . Chr.26 : Asso:166559 , Asso:166560 , Asso:166561 , Asso:167609 . Chr.27 : Asso:166564 , Asso:166565 , Asso:166566 , Asso:166567 , Asso:166568 , Asso:166569 .
QTL for Milk fat yield
Chr.2 : Asso:166465 , Asso:166467 , Asso:166468 , Asso:166469 , Asso:167564 , Asso:167566 . Chr.3 : Asso:166471 , Asso:166472 , Asso:166476 , Asso:166477 , Asso:166478 , Asso:166479 , Asso:166481 . Chr.5 : Asso:166480 , Asso:166482 , Asso:166483 , Asso:167568 . Chr.7 : Asso:166487 , Asso:166488 , Asso:166489 , Asso:166490 . Chr.8 : Asso:166495 , Asso:167570 . Chr.9 : Asso:166499 , Asso:166501 , Asso:166502 , Asso:167572 . Chr.11 : Asso:166511 , Asso:167574 , Asso:167576 . Chr.14 : Asso:166523 , Asso:166525 , Asso:167578 , Asso:167580 , Asso:167582 , Asso:167584 , Asso:167586 , Asso:167588 . Chr.15 : Asso:166535 , Asso:167590 . Chr.16 : Asso:166537 , Asso:167592 , Asso:167594 . Chr.17 : Asso:166539 , Asso:166540 . Chr.18 : Asso:166541 , Asso:166542 , Asso:166543 , Asso:167596 , Asso:167598 . Chr.19 : Asso:166547 , Asso:167600 , Asso:167602 . Chr.20 : Asso:166549 , Asso:166551 , Asso:167604 , Asso:167606 . Chr.26 : Asso:166558 , Asso:166562 , Asso:166563 , Asso:167608 . Chr.29 : Asso:166570 , Asso:166571 .
QTL for Milk protein yield
Chr.2 : Asso:166572 , Asso:166573 , Asso:166574 , Asso:166575 . Chr.3 : Asso:166576 , Asso:166578 , Asso:166579 , Asso:166580 , Asso:167610 , Asso:167612 . Chr.6 : Asso:166582 , Asso:166583 , Asso:166584 . Chr.7 : Asso:166585 , Asso:166586 . Chr.8 : Asso:166587 , Asso:166588 , Asso:166589 , Asso:166590 , Asso:166591 , Asso:166592 . Chr.9 : Asso:166593 , Asso:167614 . Chr.10 : Asso:166595 , Asso:166596 , Asso:166597 , Asso:166598 , Asso:166599 , Asso:166600 . Chr.13 : Asso:166603 , Asso:166602 , Asso:166601 , Asso:167616 . Chr.14 : Asso:166605 , Asso:166607 , Asso:166609 , Asso:166610 , Asso:167618 , Asso:167620 , Asso:167622 . Chr.15 : Asso:166611 , Asso:166612 , Asso:166613 , Asso:166614 . Chr.17 : Asso:166615 , Asso:166616 . Chr.20 : Asso:166619 , Asso:166620 . Chr.22 : Asso:166621 , Asso:166622 . Chr.23 : Asso:166623 , Asso:167624 . Chr.26 : Asso:166625 , Asso:166627 , Asso:167626 , Asso:167628 . Chr.29 : Asso:166629 , Asso:166630 .
QTL for Milk protein content
Chr.3 : Asso:166577 , Asso:166581 , Asso:167611 , Asso:167613 . Chr.9 : Asso:166594 , Asso:167615 . Chr.13 : Asso:166604 , Asso:167617 . Chr.14 : Asso:166606 , Asso:166608 , Asso:167619 , Asso:167621 , Asso:167623 . Chr.19 : Asso:166617 , Asso:166618 . Chr.23 : Asso:166624 , Asso:167625 . Chr.26 : Asso:166626 , Asso:166628 , Asso:167627 , Asso:167629 .
QTL for Pregnancy rate
Chr.2 : Asso:166631 . Chr.9 : Asso:166632 , Asso:166633 . Chr.10 : Asso:166634 . Chr.11 : Asso:166635 , Asso:166636 . Chr.14 : Asso:166637 , Asso:166638 . Chr.15 : Asso:166639 , Asso:166640 . Chr.24 : Asso:166641 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.2 (24) ,
Chr.3 (26) ,
Chr.5 (6) ,
Chr.6 (3) ,
Chr.7 (21) ,
Chr.8 (20) ,
Chr.9 (20) ,
Chr.10 (20) ,
Chr.11 (17) ,
Chr.12 (6) ,
Chr.13 (14) ,
Chr.14 (45) ,
Chr.15 (15) ,
Chr.16 (14) ,
Chr.17 (8) ,
Chr.18 (8) ,
Chr.19 (19) ,
Chr.20 (16) ,
Chr.21 (2) ,
Chr.22 (2) ,
Chr.23 (11) ,
Chr.24 (3) ,
Chr.26 (25) ,
Chr.27 (6) ,
Chr.29 (4) .
Number of gene-based eQTL/associations:
