Authors: van den Berg I, Xiang R, Jenko J, Pausch H, Boussaha M, Schrooten C, Tribout T, Gjuvsland AB, Boichard D, Nordbø Ø, Sanchez MP, Goddard ME
(Contact: irene.vandenberg@agriculture.vic.gov.au ) Affiliation: Faculty of Veterinary & Agricultural Science, University of Melbourne, Parkville, VIC, 3010, Australia Title: Meta-analysis for milk fat and protein percentage using imputed sequence variant genotypes in 94,321 cattle from eight cattle breeds Journal: Genetics, Selection, Evolution : GSE, 52(1): 37 (2020)
DOI :
10.1186/s12711-020-00556-4 Links:
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QTL for Milk fat percentage
Chr.1 : Asso:215379 , Asso:215405 . Chr.2 : Asso:215343 , Asso:215344 , Asso:215346 , Asso:215395 , Asso:215411 , Asso:215416 , Asso:215421 , Asso:215425 , Asso:215444 , Asso:215447 , Asso:215451 , Asso:215454 , Asso:215458 , Asso:215459 . Chr.3 : Asso:215340 , Asso:215403 , Asso:215417 , Asso:215448 , Asso:215460 , Asso:215461 . Chr.5 : Asso:215339 , Asso:215348 , Asso:215349 , Asso:215351 , Asso:215353 , Asso:215360 , Asso:215362 , Asso:215378 , Asso:215380 , Asso:215381 , Asso:215397 , Asso:215400 , Asso:215429 , Asso:215436 , Asso:215438 , Asso:215443 , Asso:215445 , Asso:215449 , Asso:215456 . Chr.6 : Asso:215341 , Asso:215373 , Asso:215412 , Asso:215420 , Asso:215453 , Asso:215462 , Asso:215463 , Asso:215464 . Chr.7 : Asso:215435 . Chr.8 : Asso:215354 , Asso:215361 . Chr.10 : Asso:215347 , Asso:215355 , Asso:215375 , Asso:215427 , Asso:215465 , Asso:215466 . Chr.11 : Asso:215342 , Asso:215350 , Asso:215370 , Asso:215442 , Asso:215457 . Chr.12 : Asso:215385 , Asso:215413 , Asso:215430 . Chr.13 : Asso:215352 , Asso:215396 , Asso:215419 , Asso:215450 . Chr.14 : Asso:215358 , Asso:215364 , Asso:215369 , Asso:215374 , Asso:215376 , Asso:215382 , Asso:215384 , Asso:215398 , Asso:215402 , Asso:215409 , Asso:215423 , Asso:215431 , Asso:215432 , Asso:215440 , Asso:215452 , Asso:215467 , Asso:215468 , Asso:215469 . Chr.15 : Asso:215390 , Asso:215392 , Asso:215470 . Chr.16 : Asso:215368 , Asso:215387 , Asso:215407 , Asso:215418 , Asso:215424 . Chr.17 : Asso:215408 , Asso:215428 , Asso:215433 , Asso:215441 . Chr.18 : Asso:215367 , Asso:215371 . Chr.19 : Asso:215377 , Asso:215388 , Asso:215391 , Asso:215401 , Asso:215404 , Asso:215471 , Asso:215472 . Chr.20 : Asso:215363 , Asso:215365 , Asso:215386 , Asso:215394 , Asso:215406 , Asso:215414 , Asso:215422 , Asso:215434 , Asso:215437 , Asso:215439 . Chr.21 : Asso:215426 . Chr.22 : Asso:215410 . Chr.24 : Asso:215359 , Asso:215372 . Chr.25 : Asso:215455 , Asso:215473 , Asso:215474 . Chr.26 : Asso:215357 , Asso:215389 , Asso:215393 , Asso:215415 , Asso:215475 , Asso:215476 . Chr.27 : Asso:215345 , Asso:215356 , Asso:215366 , Asso:215399 , Asso:215446 . Chr.29 : Asso:215383 .
QTL for Milk protein percentage
Chr.1 : Asso:215482 , Asso:215493 , Asso:215503 . Chr.2 : Asso:215487 , Asso:215637 , Asso:215640 . Chr.3 : Asso:215477 , Asso:215484 , Asso:215496 , Asso:215506 , Asso:215507 , Asso:215520 , Asso:215522 , Asso:215532 , Asso:215565 , Asso:215592 , Asso:215594 , Asso:215595 , Asso:215599 , Asso:215605 , Asso:215607 . Chr.4 : Asso:215579 , Asso:215641 . Chr.5 : Asso:215490 , Asso:215497 , Asso:215501 , Asso:215502 , Asso:215510 , Asso:215524 , Asso:215529 , Asso:215542 , Asso:215559 , Asso:215586 , Asso:215589 , Asso:215593 , Asso:215596 , Asso:215603 , Asso:215614 , Asso:215626 , Asso:215632 . Chr.6 : Asso:215478 , Asso:215499 , Asso:215521 , Asso:215523 , Asso:215526 , Asso:215556 , Asso:215571 , Asso:215573 , Asso:215581 , Asso:215591 , Asso:215610 , Asso:215611 , Asso:215613 , Asso:215615 , Asso:215617 , Asso:215624 , Asso:215625 , Asso:215631 , Asso:215639 , Asso:215642 , Asso:215643 , Asso:215644 , Asso:215645 , Asso:215646 . Chr.7 : Asso:215517 , Asso:215574 . Chr.8 : Asso:215577 , Asso:215636 . Chr.9 : Asso:215514 , Asso:215537 , Asso:215540 . Chr.10 : Asso:215528 , Asso:215535 , Asso:215606 . Chr.11 : Asso:215481 , Asso:215483 , Asso:215486 , Asso:215518 , Asso:215538 , Asso:215544 . Chr.12 : Asso:215531 , Asso:215572 , Asso:215618 . Chr.13 : Asso:215505 . Chr.14 : Asso:215480 , Asso:215489 , Asso:215504 , Asso:215508 , Asso:215509 , Asso:215525 , Asso:215533 , Asso:215560 , Asso:215598 , Asso:215601 , Asso:215602 , Asso:215620 , Asso:215621 , Asso:215622 , Asso:215630 , Asso:215647 , Asso:215648 . Chr.15 : Asso:215512 , Asso:215519 , Asso:215530 , Asso:215539 , Asso:215545 , Asso:215546 , Asso:215555 , Asso:215619 , Asso:215635 . Chr.16 : Asso:215550 , Asso:215551 , Asso:215568 , Asso:215578 , Asso:215585 , Asso:215600 , Asso:215608 , Asso:215623 , Asso:215627 , Asso:215628 . Chr.17 : Asso:215495 . Chr.18 : Asso:215491 , Asso:215500 , Asso:215534 , Asso:215552 , Asso:215553 . Chr.19 : Asso:215498 , Asso:215547 , Asso:215548 , Asso:215554 , Asso:215562 , Asso:215567 , Asso:215582 , Asso:215583 , Asso:215604 . Chr.20 : Asso:215479 , Asso:215527 , Asso:215543 , Asso:215557 , Asso:215575 , Asso:215576 , Asso:215584 , Asso:215588 , Asso:215590 , Asso:215612 , Asso:215616 , Asso:215629 , Asso:215633 , Asso:215649 . Chr.21 : Asso:215513 . Chr.22 : Asso:215564 . Chr.23 : Asso:215494 , Asso:215511 , Asso:215541 , Asso:215569 , Asso:215587 , Asso:215609 . Chr.24 : Asso:215549 , Asso:215558 , Asso:215563 . Chr.25 : Asso:215485 , Asso:215580 , Asso:215650 , Asso:215651 . Chr.26 : Asso:215492 , Asso:215536 , Asso:215561 . Chr.27 : Asso:215515 . Chr.28 : Asso:215488 , Asso:215638 , Asso:215652 . Chr.29 : Asso:215516 , Asso:215566 , Asso:215570 , Asso:215597 , Asso:215634 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (5) ,
Chr.2 (17) ,
Chr.3 (21) ,
Chr.4 (2) ,
Chr.5 (36) ,
Chr.6 (32) ,
Chr.7 (3) ,
Chr.8 (4) ,
Chr.9 (3) ,
Chr.10 (9) ,
Chr.11 (11) ,
Chr.12 (6) ,
Chr.13 (5) ,
Chr.14 (35) ,
Chr.15 (12) ,
Chr.16 (15) ,
Chr.17 (5) ,
Chr.18 (7) ,
Chr.19 (16) ,
Chr.20 (24) ,
Chr.21 (2) ,
Chr.22 (2) ,
Chr.23 (6) ,
Chr.24 (5) ,
Chr.25 (7) ,
Chr.26 (9) ,
Chr.27 (6) ,
Chr.28 (3) ,
Chr.29 (6) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from van den Berg I, Xiang R, Jenko J, Pausch H, Boussaha M, Schrooten C, Tribout T, Gjuvsland AB, Boichard D, Nordbø Ø, Sanchez MP, Goddard ME (2020). Meta-analysis for milk fat and protein percentage using imputed sequence variant genotypes in 94,321 cattle from eight cattle breeds. Genetics, Selection, Evolution : GSE, 52(1): 37;
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https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=YkMp2N1EyQ
OR
van den Berg I, Xiang R, Jenko J, Pausch H, Boussaha M, Schrooten C, Tribout T, Gjuvsland AB, Boichard D, Nordbø Ø, Sanchez MP, Goddard ME (2020). Meta-analysis for milk fat and protein percentage using imputed sequence variant genotypes in 94,321 cattle from eight cattle breeds. Genetics, Selection, Evolution : GSE, 52(1): 37; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/s12711-020-00556-4
