Authors: Yan G, Guo T, Xiao S, Zhang F, Xin W, Huang T, Xu W, Li Y, Zhang Z, Huang L
(Contact: bioducklily@hotmail.com; lushenghuang@hotmail.com ) Affiliation: State Key Laboratory for Pig Genetic Improvement and Production Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, China Title: Imputation-Based Whole-Genome Sequence Association Study Reveals Constant and Novel Loci for Hematological Traits in a Large-Scale Swine F2 Resource Population Journal: Frontiers In Genetics, 9: 401 (2018)
DOI :
10.3389/fgene.2018.00401 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Hematocrit
Chr.X : Asso:165101 . Chr.1 : Asso:165061 . Chr.2 : Asso:165083 , Asso:165084 . Chr.3 : Asso:165062 . Chr.4 : Asso:165085 , Asso:165086 . Chr.6 : Asso:165087 . Chr.7 : Asso:165088 , Asso:165151 , Asso:165152 , Asso:165153 . Chr.9 : Asso:165063 , Asso:165089 , Asso:165090 . Chr.10 : Asso:165091 . Chr.11 : Asso:165092 , Asso:165093 . Chr.12 : Asso:165064 . Chr.13 : Asso:165094 , Asso:165095 . Chr.14 : Asso:165096 . Chr.15 : Asso:165097 , Asso:165098 . Chr.16 : Asso:165099 . Chr.17 : Asso:165100 .
QTL for Hemoglobin
Chr.1 : Asso:165065 . Chr.2 : Asso:165066 . Chr.7 : Asso:165155 , Asso:165154 , Asso:165156 . Chr.9 : Asso:165067 . Chr.12 : Asso:165068 .
QTL for Mean corpuscular hemoglobin content
Chr.1 : Asso:165102 , Asso:165103 . Chr.4 : Asso:165069 , Asso:165104 . Chr.6 : Asso:165105 . Chr.8 : Asso:165106 , Asso:165157 , Asso:165158 . Chr.10 : Asso:165107 . Chr.11 : Asso:165159 . Chr.12 : Asso:165108 . Chr.17 : Asso:165109 .
QTL for Mean corpuscular hemoglobin concentration
Chr.X : Asso:165124 . Chr.2 : Asso:165110 , Asso:165111 . Chr.3 : Asso:165070 , Asso:165071 . Chr.4 : Asso:165112 , Asso:165113 . Chr.5 : Asso:165072 . Chr.6 : Asso:165073 , Asso:165114 , Asso:165160 . Chr.9 : Asso:165115 , Asso:165116 . Chr.10 : Asso:165117 . Chr.11 : Asso:165118 . Chr.13 : Asso:165119 , Asso:165120 . Chr.14 : Asso:165121 . Chr.15 : Asso:165074 , Asso:165122 . Chr.16 : Asso:165075 . Chr.17 : Asso:165123 , Asso:165162 .
QTL for Mean corpuscular volume
Chr.X : Asso:165147 , Asso:165165 , Asso:165166 . Chr.1 : Asso:165125 . Chr.2 : Asso:165126 , Asso:165127 . Chr.3 : Asso:165128 . Chr.4 : Asso:165129 , Asso:165130 . Chr.6 : Asso:165131 . Chr.8 : Asso:165076 , Asso:165132 , Asso:165133 , Asso:165163 , Asso:165164 . Chr.9 : Asso:165134 , Asso:165135 . Chr.10 : Asso:165136 , Asso:165137 . Chr.11 : Asso:165138 , Asso:165139 . Chr.13 : Asso:165140 , Asso:165141 , Asso:165142 , Asso:165143 . Chr.14 : Asso:165144 . Chr.15 : Asso:165145 . Chr.16 : Asso:165077 . Chr.17 : Asso:165146 .
QTL for Red blood cell count
Chr.3 : Asso:165078 . Chr.8 : Asso:165079 , Asso:165080 , Asso:165167 . Chr.9 : Asso:165081 . Chr.12 : Asso:165082 .
QTL for Red cell distribution width
Chr.X : Asso:165168 , Asso:165169 . Chr.1 : Asso:165148 . Chr.8 : Asso:165149 . Chr.9 : Asso:165150 .
QTL for Granulocyte number
Chr.X : Asso:165219 , Asso:165230 . Chr.1 : Asso:165218 . Chr.3 : Asso:165170 , Asso:165229 . Chr.5 : Asso:165172 , Asso:165171 . Chr.7 : Asso:165173 . Chr.11 : Asso:165174 .
QTL for Granulocyte percentage
Chr.X : Asso:165220 , Asso:165232 . Chr.8 : Asso:165175 . Chr.17 : Asso:165231 .
QTL for Lymphocyte number
Chr.1 : Asso:165176 . Chr.5 : Asso:165177 . Chr.7 : Asso:165178 . Chr.11 : Asso:165179 . Chr.16 : Asso:165180 . Chr.17 : Asso:165181 .
QTL for Lymphocyte percentage
Chr.X : Asso:165221 . Chr.17 : Asso:165182 .
QTL for Monocyte number
Chr.X : Asso:165192 , Asso:165193 . Chr.1 : Asso:165183 , Asso:165184 . Chr.2 : Asso:165185 . Chr.4 : Asso:165186 , Asso:165233 . Chr.5 : Asso:165187 . Chr.7 : Asso:165188 , Asso:165234 . Chr.9 : Asso:165235 , Asso:165236 . Chr.11 : Asso:165189 , Asso:165237 . Chr.13 : Asso:165238 . Chr.14 : Asso:165190 . Chr.16 : Asso:165239 . Chr.17 : Asso:165191 .
QTL for Monocyte percentage
Chr.X : Asso:165207 . Chr.1 : Asso:165194 , Asso:165195 . Chr.2 : Asso:165196 , Asso:165222 . Chr.3 : Asso:165197 . Chr.4 : Asso:165198 , Asso:165199 , Asso:165200 , Asso:165223 , Asso:165240 . Chr.5 : Asso:165201 . Chr.7 : Asso:165202 , Asso:165224 . Chr.8 : Asso:165225 . Chr.9 : Asso:165203 , Asso:165226 , Asso:165241 , Asso:165242 . Chr.10 : Asso:165243 . Chr.11 : Asso:165204 , Asso:165244 . Chr.12 : Asso:165245 . Chr.13 : Asso:165246 . Chr.15 : Asso:165206 , Asso:165227 . Chr.17 : Asso:165228 .
QTL for White blood cell number
Chr.1 : Asso:165208 . Chr.3 : Asso:165209 . Chr.5 : Asso:165210 , Asso:165211 . Chr.7 : Asso:165212 . Chr.11 : Asso:165213 . Chr.13 : Asso:165214 . Chr.15 : Asso:165215 . Chr.16 : Asso:165216 . Chr.17 : Asso:165217 .
QTL for Mean platelet volume
Chr.9 : Asso:165253 . Chr.16 : Asso:165247 .
QTL for Platelet distribution width
Chr.X : Asso:165251 , Asso:165252 . Chr.5 : Asso:165248 . Chr.6 : Asso:165249 . Chr.8 : Asso:165250 . Chr.11 : Asso:165258 .
QTL for Plateletcrit
Chr.X : Asso:165257 . Chr.3 : Asso:165254 . Chr.6 : Asso:165255 . Chr.16 : Asso:165256 .
QTL for Platelet count
Chr.5 : Asso:165259 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (18) ,
Chr.1 (13) ,
Chr.2 (10) ,
Chr.3 (10) ,
Chr.4 (15) ,
Chr.5 (10) ,
Chr.6 (8) ,
Chr.7 (14) ,
Chr.8 (15) ,
Chr.9 (17) ,
Chr.10 (6) ,
Chr.11 (14) ,
Chr.12 (5) ,
Chr.13 (11) ,
Chr.14 (4) ,
Chr.15 (8) ,
Chr.16 (8) ,
Chr.17 (11) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Yan G, Guo T, Xiao S, Zhang F, Xin W, Huang T, Xu W, Li Y, Zhang Z, Huang L (2018). Imputation-Based Whole-Genome Sequence Association Study Reveals Constant and Novel Loci for Hematological Traits in a Large-Scale Swine F2 Resource Population. Frontiers in genetics, 9: 401;
Curated into QTLdb on 2018-11-14. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=YkXj6C7OoH
OR
Yan G, Guo T, Xiao S, Zhang F, Xin W, Huang T, Xu W, Li Y, Zhang Z, Huang L (2018). Imputation-Based Whole-Genome Sequence Association Study Reveals Constant and Novel Loci for Hematological Traits in a Large-Scale Swine F2 Resource Population. Frontiers in genetics, 9: 401; DOI: https://dx.doi.org/10.3389/fgene.2018.00401
