Authors: Zhang Y, Wang Y, Li Y, Wu J, Wang X, Bian C, Tian Y, Sun G, Han R, Liu X, Jiang R, Wang Y, Li G, Li W, Hu X, Kang X
(Contact: xtkang2001@263.net ) Affiliation: Henan Innovative Engineering Research Center of Poultry Germplasm Resource, Henan Agricultural University, Zhengzhou, 450046, China Title: Genome-wide association study reveals the genetic determinism of growth traits in a Gushi-Anka F2 chicken population Journal: Heredity, 126(2): 293-307 (2021)
DOI :
10.1038/s41437-020-00365-x Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Abdominal fat percentage
Chr.6 : Asso:221808 .
QTL for Abdominal fat weight
Chr.6 : Asso:221809 .
QTL for Breast bone crest length
Chr.1 : Asso:221810 , Asso:221811 , Asso:221812 , Asso:221813 , Asso:221814 , Asso:221815 , Asso:221818 , Asso:221819 , Asso:221820 , Asso:221821 , Asso:221822 . Chr.5 : Asso:221825 . Chr.27 : Asso:221816 , Asso:221817 , Asso:221823 , Asso:221824 , Asso:221826 , Asso:221827 , Asso:221828 , Asso:221829 .
QTL for Breast muscle percentage
Chr.9 : Asso:221830 , Asso:221831 .
QTL for Breast muscle weight
Chr.18 : Asso:221832 , Asso:221833 .
QTL for Body slope length
Chr.1 : Asso:221834 . Chr.4 : Asso:221841 . Chr.27 : Asso:221835 , Asso:221836 , Asso:221837 , Asso:221838 , Asso:221839 , Asso:221840 .
QTL for Body weight
Chr.1 : Asso:221842 , Asso:221843 , Asso:221845 , Asso:221847 , Asso:221850 , Asso:221851 . Chr.4 : Asso:221844 , Asso:221846 , Asso:221848 , Asso:221849 , Asso:221860 . Chr.27 : Asso:221852 , Asso:221853 , Asso:221854 , Asso:221855 , Asso:221856 , Asso:221857 , Asso:221858 , Asso:221859 .
QTL for Body depth
Chr.2 : Asso:221869 .
QTL for Claw percentage
Chr.1 : Asso:221935 . Chr.4 : Asso:221871 , Asso:221872 , Asso:221873 , Asso:221876 , Asso:221877 , Asso:221879 , Asso:221880 , Asso:221881 , Asso:221882 , Asso:221888 , Asso:221889 , Asso:221890 , Asso:221892 , Asso:221895 , Asso:221896 , Asso:221897 , Asso:221899 , Asso:221900 , Asso:221901 , Asso:221903 , Asso:221911 , Asso:221915 , Asso:221919 , Asso:221921 , Asso:221922 , Asso:221924 , Asso:221928 , Asso:221929 , Asso:221941 , Asso:221943 , Asso:221944 . Chr.27 : Asso:221874 , Asso:221875 , Asso:221878 , Asso:221883 , Asso:221884 , Asso:221885 , Asso:221886 , Asso:221887 , Asso:221891 , Asso:221893 , Asso:221894 , Asso:221898 , Asso:221902 , Asso:221904 , Asso:221905 , Asso:221906 , Asso:221907 , Asso:221908 , Asso:221909 , Asso:221910 , Asso:221912 , Asso:221913 , Asso:221914 , Asso:221916 , Asso:221917 , Asso:221918 , Asso:221920 , Asso:221923 , Asso:221925 , Asso:221926 , Asso:221927 , Asso:221930 , Asso:221931 , Asso:221932 , Asso:221933 , Asso:221934 , Asso:221936 , Asso:221937 , Asso:221938 , Asso:221939 , Asso:221940 , Asso:221942 , Asso:221945 , Asso:221946 , Asso:221947 , Asso:221948 , Asso:221949 .
QTL for Claw weight
Chr.1 : Asso:221954 , Asso:222027 , Asso:222044 , Asso:222048 . Chr.4 : Asso:221950 , Asso:221951 , Asso:221952 , Asso:221953 , Asso:221955 , Asso:221958 , Asso:221959 , Asso:221960 , Asso:221961 , Asso:221962 , Asso:221963 , Asso:221964 , Asso:221965 , Asso:221966 , Asso:221968 , Asso:221969 , Asso:221970 , Asso:221971 , Asso:221972 , Asso:221973 , Asso:221974 , Asso:221975 , Asso:221977 , Asso:221978 , Asso:221979 , Asso:221980 , Asso:221981 , Asso:221982 , Asso:221984 , Asso:221985 , Asso:221987 , Asso:221988 , Asso:221989 , Asso:221990 , Asso:221991 , Asso:221992 , Asso:221993 , Asso:221995 , Asso:221996 , Asso:221997 , Asso:221998 , Asso:221999 , Asso:222000 , Asso:222003 , Asso:222004 , Asso:222005 , Asso:222006 , Asso:222007 , Asso:222008 , Asso:222009 , Asso:222013 , Asso:222015 , Asso:222016 , Asso:222017 , Asso:222019 , Asso:222020 , Asso:222021 , Asso:222022 , Asso:222023 , Asso:222025 , Asso:222026 , Asso:222028 , Asso:222030 , Asso:222031 , Asso:222032 , Asso:222033 , Asso:222034 , Asso:222035 , Asso:222036 , Asso:222037 , Asso:222038 , Asso:222039 , Asso:222040 , Asso:222041 , Asso:222042 , Asso:222043 , Asso:222046 , Asso:222047 , Asso:222049 , Asso:222051 , Asso:222053 , Asso:222054 , Asso:222055 , Asso:222056 , Asso:222057 , Asso:222059 , Asso:222060 , Asso:222061 , Asso:222062 , Asso:222063 , Asso:222064 , Asso:222065 , Asso:222067 , Asso:222068 , Asso:222069 , Asso:222070 , Asso:222071 , Asso:222072 , Asso:222074 , Asso:222075 , Asso:222078 , Asso:222081 , Asso:222083 , Asso:222084 , Asso:222085 , Asso:222086 , Asso:222087 , Asso:222088 , Asso:222089 , Asso:222090 , Asso:222091 , Asso:222092 , Asso:222093 . Chr.27 : Asso:221956 , Asso:221957 , Asso:221967 , Asso:221976 , Asso:221983 , Asso:221986 , Asso:221994 , Asso:222001 , Asso:222002 , Asso:222010 , Asso:222011 , Asso:222012 , Asso:222014 , Asso:222018 , Asso:222024 , Asso:222029 , Asso:222045 , Asso:222050 , Asso:222052 , Asso:222058 , Asso:222066 , Asso:222073 , Asso:222076 , Asso:222077 , Asso:222079 , Asso:222080 , Asso:222082 , Asso:222094 , Asso:222095 .
QTL for Chest width
Chr.5 : Asso:222096 . Chr.16 : Asso:222098 . Chr.18 : Asso:222097 .
QTL for Carcass weight
Chr.1 : Asso:222099 . Chr.4 : Asso:222100 , Asso:222101 , Asso:222102 , Asso:222103 , Asso:222104 , Asso:222105 , Asso:222106 , Asso:222107 , Asso:222108 , Asso:222191 , Asso:222192 , Asso:222193 , Asso:222194 .
QTL for Gizzard percentage
Chr.10 : Asso:222109 , Asso:222110 .
QTL for Gizzard weight
Chr.1 : Asso:222111 , Asso:222112 , Asso:222113 , Asso:222114 , Asso:222115 , Asso:222116 , Asso:222117 , Asso:222118 , Asso:222119 , Asso:222120 , Asso:222121 , Asso:222122 .
QTL for Heart percentage
Chr.3 : Asso:222123 , Asso:222124 , Asso:222125 .
QTL for Head weight
Chr.4 : Asso:222126 , Asso:222127 , Asso:222128 , Asso:222129 , Asso:222130 , Asso:222131 , Asso:222132 , Asso:222133 , Asso:222134 , Asso:222135 , Asso:222136 , Asso:222137 .
QTL for Drumstick and thigh muscle percentage
Chr.2 : Asso:222138 .
QTL for Drumstick and thigh muscle weight
Chr.4 : Asso:222139 , Asso:222140 , Asso:222141 , Asso:222142 , Asso:222143 .
QTL for Liver percentage
Chr.1 : Asso:222144 , Asso:222145 .
QTL for Drumstick and thigh weight
Chr.4 : Asso:222146 , Asso:222147 , Asso:222148 , Asso:222149 , Asso:222150 , Asso:222151 , Asso:222152 , Asso:222153 , Asso:222154 , Asso:222155 , Asso:222157 , Asso:222158 , Asso:222159 , Asso:222160 , Asso:222161 , Asso:222162 , Asso:222163 , Asso:222164 , Asso:222165 , Asso:222166 , Asso:222167 , Asso:222168 , Asso:222169 , Asso:222170 , Asso:222171 , Asso:222172 , Asso:222173 . Chr.27 : Asso:222156 .
QTL for Liver weight
Chr.4 : Asso:222174 .
QTL for Pelvis breadth
Chr.2 : Asso:222175 .
QTL for Pancreas weight
Chr.1 : Asso:222176 , Asso:222177 , Asso:222178 , Asso:222179 , Asso:222180 , Asso:222181 , Asso:222182 , Asso:222183 , Asso:222184 , Asso:222185 , Asso:222186 , Asso:222187 , Asso:222188 , Asso:222189 , Asso:222190 .
QTL for Subcutaneous fat thickness
Chr.9 : Asso:222195 , Asso:222196 , Asso:222197 , Asso:222198 , Asso:222199 .
QTL for Shank circumference
Chr.1 : Asso:222201 , Asso:222202 , Asso:222204 , Asso:222205 , Asso:222207 , Asso:222208 , Asso:222209 , Asso:222210 , Asso:222211 , Asso:222212 , Asso:222213 , Asso:222214 , Asso:222215 , Asso:222216 , Asso:222217 , Asso:222219 , Asso:222220 , Asso:222221 , Asso:222222 , Asso:222223 , Asso:222224 . Chr.4 : Asso:222200 , Asso:222203 , Asso:222206 , Asso:222218 .
QTL for Shank length
Chr.4 : Asso:222225 , Asso:222226 , Asso:222227 , Asso:222229 , Asso:222230 , Asso:222231 , Asso:222235 , Asso:222236 , Asso:222237 , Asso:222238 , Asso:222239 . Chr.27 : Asso:222228 , Asso:222232 , Asso:222233 , Asso:222234 , Asso:222240 , Asso:222241 , Asso:222242 .
QTL for Spleen percentage
Chr.3 : Asso:222243 .
QTL for Spleen weight
Chr.4 : Asso:222244 , Asso:222245 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (74) ,
Chr.2 (3) ,
Chr.3 (4) ,
Chr.4 (225) ,
Chr.5 (2) ,
Chr.6 (2) ,
Chr.9 (7) ,
Chr.10 (2) ,
Chr.16 (1) ,
Chr.18 (3) ,
Chr.27 (106) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Zhang Y, Wang Y, Li Y, Wu J, Wang X, Bian C, Tian Y, Sun G, Han R, Liu X, Jiang R, Wang Y, Li G, Li W, Hu X, Kang X (2021). Genome-wide association study reveals the genetic determinism of growth traits in a Gushi-Anka F2 chicken population. Heredity, 126(2): 293-307;
Curated into QTLdb on 2021-05-19. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=DsSp1T2IsR
OR
Zhang Y, Wang Y, Li Y, Wu J, Wang X, Bian C, Tian Y, Sun G, Han R, Liu X, Jiang R, Wang Y, Li G, Li W, Hu X, Kang X (2021). Genome-wide association study reveals the genetic determinism of growth traits in a Gushi-Anka F2 chicken population. Heredity, 126(2): 293-307; DOI: https://dx.doi.org/10.1038/s41437-020-00365-x
