Authors:
Zhang W, Bin Yang, Zhang J, Cui L, Ma J, Chen C, Ai H, Xiao S, Ren J, Huang L
(Contact: renjunjxau@hotmail.com )
Affiliation:
State Key Laboratory of Pig Genetic Improvement and Production Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang, 330045, P.R. China
Title:
Genome-wide association studies for fatty acid metabolic traits in five divergent pig populations
Journal:
Scientific Reports, 6: 24718 (2016)
DOI :
10.1038/srep24718
Links:
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QTL for Average chain length reported for chromosome(s):
Chr.4 : Asso:101411 . Chr.8 : Asso:101410 .
QTL for Myristoleic acid to myristic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101415 , Asso:101416 . Chr.12 : Asso:101412 , Asso:101413 . Chr.14 : Asso:101414 .
QTL for Palmitic acid to myristic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.4 : Asso:101417 . Chr.8 : Asso:101418 , Asso:101425 . Chr.9 : Asso:101419 , Asso:101421 . Chr.12 : Asso:101422 , Asso:101423 , Asso:101424 , Asso:101426 , Asso:101427 , Asso:101428 , Asso:101429 , Asso:101430 , Asso:101431 , Asso:101432 . Chr.18 : Asso:101420 .
QTL for Palmitoleic acid to palmitic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101458 . Chr.8 : Asso:101433 , Asso:101434 , Asso:101452 , Asso:101454 , Asso:101467 . Chr.9 : Asso:101435 , Asso:101443 , Asso:101444 , Asso:101445 . Chr.13 : Asso:101465 . Chr.14 : Asso:101436 , Asso:101437 , Asso:101438 , Asso:101439 , Asso:101440 , Asso:101441 , Asso:101442 , Asso:101446 , Asso:101447 , Asso:101448 , Asso:101449 , Asso:101450 , Asso:101451 , Asso:101453 , Asso:101455 , Asso:101456 , Asso:101457 , Asso:101459 , Asso:101460 , Asso:101461 , Asso:101462 , Asso:101463 , Asso:101464 , Asso:101466 .
QTL for Stearic acid to palmitic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.4 : Asso:101475 . Chr.7 : Asso:101468 , Asso:101494 . Chr.8 : Asso:101469 , Asso:101486 , Asso:101499 . Chr.9 : Asso:101470 . Chr.14 : Asso:101471 , Asso:101472 , Asso:101473 , Asso:101474 , Asso:101476 , Asso:101477 , Asso:101478 , Asso:101479 , Asso:101480 , Asso:101481 , Asso:101482 , Asso:101483 , Asso:101484 , Asso:101485 , Asso:101487 , Asso:101488 , Asso:101489 , Asso:101490 , Asso:101491 , Asso:101492 , Asso:101493 , Asso:101495 , Asso:101496 , Asso:101497 , Asso:101498 .
QTL for Oleic acid to palmitoleic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101500 , Asso:101521 . Chr.8 : Asso:101501 , Asso:101502 , Asso:101503 , Asso:101504 , Asso:101505 , Asso:101509 , Asso:101516 , Asso:101518 , Asso:101519 , Asso:101520 , Asso:101522 . Chr.9 : Asso:101506 , Asso:101507 , Asso:101508 , Asso:101510 , Asso:101511 , Asso:101512 , Asso:101513 . Chr.12 : Asso:101514 , Asso:101515 . Chr.14 : Asso:101517 .
QTL for Oleic acid to stearic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.4 : Asso:101528 . Chr.8 : Asso:101552 . Chr.10 : Asso:101523 . Chr.14 : Asso:101524 , Asso:101525 , Asso:101526 , Asso:101527 , Asso:101529 , Asso:101530 , Asso:101531 , Asso:101532 , Asso:101533 , Asso:101534 , Asso:101535 , Asso:101536 , Asso:101537 , Asso:101538 , Asso:101539 , Asso:101540 , Asso:101541 , Asso:101542 , Asso:101543 , Asso:101544 , Asso:101545 , Asso:101546 , Asso:101547 , Asso:101548 , Asso:101549 , Asso:101550 , Asso:101551 , Asso:101553 , Asso:101554 , Asso:101555 , Asso:101556 , Asso:101557 .
QTL for Gamma-linolenic acid to linoleic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101558 , Asso:101560 . Chr.11 : Asso:101559 . Chr.17 : Asso:101561 .
QTL for Arachidic acid to stearic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.16 : Asso:101562 , Asso:101563 , Asso:101564 , Asso:101565 , Asso:101566 , Asso:101567 , Asso:101568 , Asso:101569 , Asso:101570 , Asso:101571 , Asso:101572 , Asso:101573 , Asso:101574 , Asso:101575 , Asso:101576 , Asso:101577 , Asso:101578 , Asso:101579 , Asso:101580 , Asso:101581 , Asso:101582 , Asso:101583 , Asso:101584 , Asso:101585 , Asso:101586 , Asso:101587 , Asso:101588 , Asso:101589 , Asso:101590 , Asso:101591 , Asso:101592 , Asso:101593 , Asso:101594 , Asso:101595 , Asso:101596 , Asso:101597 , Asso:101598 , Asso:101599 , Asso:101600 , Asso:101601 , Asso:101602 , Asso:101603 , Asso:101604 , Asso:101605 , Asso:101606 , Asso:101607 , Asso:101608 , Asso:101609 , Asso:101610 , Asso:101611 , Asso:101612 , Asso:101613 , Asso:101614 , Asso:101615 , Asso:101616 , Asso:101617 , Asso:101618 , Asso:101619 , Asso:101620 , Asso:101621 , Asso:101622 , Asso:101623 , Asso:101624 , Asso:101625 , Asso:101626 , Asso:101627 , Asso:101628 , Asso:101629 , Asso:101630 , Asso:101631 , Asso:101632 , Asso:101633 , Asso:101634 , Asso:101635 , Asso:101636 , Asso:101637 , Asso:101638 , Asso:101639 , Asso:101640 , Asso:101641 , Asso:101642 , Asso:101643 , Asso:101644 , Asso:101645 , Asso:101646 , Asso:101647 , Asso:101648 , Asso:101649 , Asso:101650 , Asso:101651 , Asso:101652 , Asso:101653 , Asso:101654 , Asso:101655 , Asso:101656 , Asso:101657 , Asso:101658 , Asso:101659 , Asso:101660 , Asso:101661 , Asso:101662 , Asso:101663 , Asso:101664 , Asso:101665 , Asso:101666 , Asso:101667 , Asso:101668 , Asso:101669 , Asso:101670 , Asso:101671 , Asso:101672 , Asso:101673 , Asso:101674 , Asso:101675 , Asso:101676 .
QTL for Cis-11-Eicosenoic acid to oleic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101677 , Asso:101678 , Asso:101679 , Asso:101680 , Asso:101681 , Asso:101682 , Asso:101683 , Asso:101684 , Asso:101685 , Asso:101686 , Asso:101687 , Asso:101688 , Asso:101689 , Asso:101690 , Asso:101691 , Asso:101692 , Asso:101693 , Asso:101694 , Asso:101695 , Asso:101696 , Asso:101697 , Asso:101698 , Asso:101699 , Asso:101700 , Asso:101702 , Asso:101703 , Asso:101704 , Asso:101705 , Asso:101707 , Asso:101708 , Asso:101709 , Asso:101710 . Chr.16 : Asso:101701 , Asso:101706 , Asso:101711 .
QTL for Eicosenoic acid to eicosanoic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101712 , Asso:101713 , Asso:101714 , Asso:101726 , Asso:101727 , Asso:101728 , Asso:101729 , Asso:101730 , Asso:101752 , Asso:101757 . Chr.14 : Asso:101731 , Asso:101744 , Asso:101760 . Chr.16 : Asso:101715 , Asso:101716 , Asso:101717 , Asso:101718 , Asso:101719 , Asso:101720 , Asso:101721 , Asso:101722 , Asso:101723 , Asso:101724 , Asso:101725 , Asso:101732 , Asso:101733 , Asso:101734 , Asso:101735 , Asso:101736 , Asso:101737 , Asso:101738 , Asso:101739 , Asso:101740 , Asso:101741 , Asso:101742 , Asso:101743 , Asso:101745 , Asso:101746 , Asso:101747 , Asso:101748 , Asso:101749 , Asso:101750 , Asso:101751 , Asso:101753 , Asso:101754 , Asso:101755 , Asso:101756 , Asso:101758 , Asso:101759 , Asso:101761 .
QTL for Eicosadienoic acid to linoleic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101762 , Asso:101763 , Asso:101764 , Asso:101765 , Asso:101766 , Asso:101767 , Asso:101768 .
QTL for Arachidonic acid to dihomo-gamma-linolenic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:101775 . Chr.2 : Asso:101769 , Asso:101771 , Asso:101776 . Chr.4 : Asso:101772 , Asso:101774 . Chr.12 : Asso:101770 . Chr.13 : Asso:101773 .
QTL for Double-bond index reported for chromosome(s):
Chr.14 : Asso:101777 , Asso:101778 , Asso:101779 , Asso:101780 , Asso:101781 , Asso:101782 , Asso:101783 , Asso:101784 .
QTL for Monounsaturated fatty acid content reported for chromosome(s):
Chr.8 : Asso:101788 . Chr.14 : Asso:101785 , Asso:101786 , Asso:101787 , Asso:101789 , Asso:101790 , Asso:101791 , Asso:101792 , Asso:101793 , Asso:101794 , Asso:101795 , Asso:101796 , Asso:101797 , Asso:101798 , Asso:101799 , Asso:101800 .
QTL for Monounsaturated fatty acid to saturated fatty acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.8 : Asso:101825 . Chr.14 : Asso:101801 , Asso:101802 , Asso:101803 , Asso:101804 , Asso:101805 , Asso:101806 , Asso:101807 , Asso:101808 , Asso:101809 , Asso:101810 , Asso:101811 , Asso:101812 , Asso:101813 , Asso:101814 , Asso:101815 , Asso:101816 , Asso:101817 , Asso:101818 , Asso:101819 , Asso:101820 , Asso:101821 , Asso:101822 , Asso:101823 , Asso:101824 , Asso:101826 , Asso:101827 , Asso:101828 , Asso:101829 , Asso:101830 .
QTL for Omega-3 fatty acid content reported for chromosome(s):
Chr.9 : Asso:101833 . Chr.15 : Asso:101831 , Asso:101832 .
QTL for Omega-6 fatty acid content reported for chromosome(s):
Chr.9 : Asso:101834 .
QTL for Omega-6 to omega-3 fatty acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.15 : Asso:101835 .
QTL for Polyunsaturated fatty acid content reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:101836 . Chr.9 : Asso:101837 .
QTL for Polyunsaturated fatty acid to monounsaturated fatty acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:101838 . Chr.9 : Asso:101839 .
QTL for Polyunsaturated fatty acid to saturated fatty acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.9 : Asso:101840 .
QTL for Saturated fatty acid content reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101869 . Chr.8 : Asso:101865 . Chr.10 : Asso:101841 . Chr.12 : Asso:101871 . Chr.14 : Asso:101842 , Asso:101843 , Asso:101844 , Asso:101845 , Asso:101846 , Asso:101847 , Asso:101848 , Asso:101849 , Asso:101850 , Asso:101851 , Asso:101852 , Asso:101853 , Asso:101854 , Asso:101855 , Asso:101856 , Asso:101857 , Asso:101858 , Asso:101859 , Asso:101860 , Asso:101861 , Asso:101862 , Asso:101863 , Asso:101864 , Asso:101866 , Asso:101867 , Asso:101868 , Asso:101870 , Asso:101872 .
QTL for Unsaturated to saturated fatty acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.3 : Asso:101892 . Chr.8 : Asso:101898 . Chr.10 : Asso:101873 . Chr.14 : Asso:101874 , Asso:101875 , Asso:101876 , Asso:101877 , Asso:101878 , Asso:101879 , Asso:101880 , Asso:101881 , Asso:101882 , Asso:101883 , Asso:101884 , Asso:101885 , Asso:101886 , Asso:101887 , Asso:101888 , Asso:101889 , Asso:101890 , Asso:101891 , Asso:101893 , Asso:101894 , Asso:101895 , Asso:101896 , Asso:101897 , Asso:101899 , Asso:101900 , Asso:101901 , Asso:101902 , Asso:101903 .
QTL for Unsaturated index reported for chromosome(s):
Chr.14 : Asso:101904 , Asso:101905 , Asso:101906 , Asso:101907 , Asso:101908 , Asso:101909 , Asso:101910 , Asso:101911 .
QTL for Fatty acid atherogenic index reported for chromosome(s):
Chr.4 : Asso:101926 . Chr.8 : Asso:101918 , Asso:101920 . Chr.10 : Asso:101929 . Chr.14 : Asso:101912 , Asso:101913 , Asso:101914 , Asso:101915 , Asso:101916 , Asso:101919 , Asso:101921 , Asso:101922 , Asso:101923 , Asso:101924 , Asso:101925 , Asso:101927 , Asso:101928 , Asso:101930 . Chr.18 : Asso:101917 .
QTL for Fatty acid thrombogenic index reported for chromosome(s):
Chr.3 : Asso:101943 . Chr.4 : Asso:101951 . Chr.14 : Asso:101931 , Asso:101932 , Asso:101933 , Asso:101934 , Asso:101935 , Asso:101936 , Asso:101937 , Asso:101938 , Asso:101939 , Asso:101940 , Asso:101941 , Asso:101942 , Asso:101944 , Asso:101945 , Asso:101946 , Asso:101947 , Asso:101948 , Asso:101949 , Asso:101950 , Asso:101952 , Asso:101953 , Asso:101954 .
QTL for Eicosatrienoic acid to alpha-linolenic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101955 , Asso:101956 , Asso:101957 .
QTL for Dihomo-gamma-linolenic acid to linoleic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.2 : Asso:101958 , Asso:101961 . Chr.9 : Asso:101959 , Asso:101960 .
QTL for Dihomo-gamma-linolenic acid to gamma-linolenic acic ratio reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:101962 , Asso:101963 , Asso:101964 , Asso:101965 , Asso:101966 , Asso:101967 .
QTL for Arachidonic acid to gamma-linolenic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:101968 . Chr.17 : Asso:101969 .
QTL for Arachidonic acid to eicosadienoic acid ratio reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:101974 . Chr.4 : Asso:101970 . Chr.5 : Asso:101971 . Chr.7 : Asso:101972 , Asso:101973 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (5) ,
Chr.2 (5) ,
Chr.3 (2) ,
Chr.4 (9) ,
Chr.5 (1) ,
Chr.7 (70) ,
Chr.8 (29) ,
Chr.9 (21) ,
Chr.10 (4) ,
Chr.11 (1) ,
Chr.12 (16) ,
Chr.13 (2) ,
Chr.14 (238) ,
Chr.15 (3) ,
Chr.16 (155) ,
Chr.17 (2) ,
Chr.18 (2) .
Number of gene-based eQTL/associations: