Authors:
Li C, Duan D, Xue Y, Han X, Wang K, Qiao R, Li XL, Li XJ
(Contact: xiulingli@henau.edu.cn; lxjlongfei@163.com )
Affiliation:
College of Animal Sciences and Technology, Henan Agricultural University, Zhengzhou, Henan, China
Title:
An association study on imputed whole-genome resequencing from high-throughput sequencing data for body traits in crossbred pigs
Journal:
Animal Genetics, 53(2):212-219 (2022)
DOI :
10.1111/age.13170
Links:
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( Related study: none )
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Longissimus muscle depth reported for chromosome(s):
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QTL for Body circumference reported for chromosome(s):
Chr.6 : Asso:255368 . Chr.11 : Asso:255336 , Asso:255337 , Asso:255361 , Asso:255521 , Asso:255567 , Asso:255568 , Asso:255569 , Asso:255570 , Asso:255571 , Asso:255572 , Asso:255573 , Asso:255574 , Asso:255575 , Asso:255576 , Asso:255577 , Asso:255578 , Asso:255579 , Asso:255580 , Asso:255581 , Asso:255582 , Asso:255583 , Asso:255584 , Asso:255585 , Asso:255586 , Asso:255587 , Asso:255588 , Asso:255589 , Asso:255590 , Asso:255591 , Asso:255592 , Asso:255593 , Asso:255594 , Asso:255595 , Asso:255596 , Asso:255597 , Asso:255598 , Asso:255599 , Asso:255600 , Asso:255601 , Asso:255602 , Asso:255603 , Asso:255604 , Asso:255605 , Asso:255606 , Asso:255607 , Asso:255608 , Asso:255609 , Asso:255610 , Asso:255611 , Asso:255612 , Asso:255613 , Asso:255614 , Asso:255615 , Asso:255616 , Asso:255617 , Asso:255618 , Asso:255619 , Asso:255620 , Asso:255621 , Asso:255622 , Asso:255722 , Asso:256044 , Asso:256045 , Asso:256046 , Asso:256047 , Asso:256048 , Asso:256049 , Asso:256050 , Asso:256051 , Asso:256052 , Asso:256053 , Asso:256054 , Asso:256055 , Asso:256056 , Asso:256057 , Asso:256058 , Asso:256059 , Asso:256060 , Asso:256061 , Asso:256062 , Asso:256063 , Asso:256064 , Asso:256065 , Asso:256066 , Asso:256067 , Asso:256068 , Asso:256069 , Asso:256070 , Asso:256071 , Asso:256072 , Asso:256073 , Asso:256074 , Asso:256075 , Asso:256076 , Asso:256077 , Asso:256078 , Asso:256079 , Asso:256080 , Asso:256081 , Asso:256082 , Asso:256083 , Asso:256084 , Asso:256085 . Chr.15 : Asso:255349 .
QTL for Body height reported for chromosome(s):
Chr.5 : Asso:255733 , Asso:255742 , Asso:255743 , Asso:255759 , Asso:255779 , Asso:255781 , Asso:255784 , Asso:255790 , Asso:255791 , Asso:255796 , Asso:255801 , Asso:255823 , Asso:255827 , Asso:255829 , Asso:255836 , Asso:255837 , Asso:255840 , Asso:255849 , Asso:255854 , Asso:255856 , Asso:255858 , Asso:255859 , Asso:255863 , Asso:255865 , Asso:255866 , Asso:255868 , Asso:255876 , Asso:255884 , Asso:255895 , Asso:255911 , Asso:255930 , Asso:255932 , Asso:255942 , Asso:255943 , Asso:255949 , Asso:255955 , Asso:255964 , Asso:255968 , Asso:255972 , Asso:255974 , Asso:255976 , Asso:255979 , Asso:255981 , Asso:255982 , Asso:255984 , Asso:255986 , Asso:255987 , Asso:255989 , Asso:255998 , Asso:256000 , Asso:256001 , Asso:256010 , Asso:256011 , Asso:256012 , Asso:256013 , Asso:256014 , Asso:256015 , Asso:256016 , Asso:256017 , Asso:256018 , Asso:256019 . Chr.6 : Asso:255738 , Asso:255754 , Asso:255817 , Asso:255872 , Asso:255925 , Asso:255928 , Asso:255929 , Asso:255995 , Asso:256007 , Asso:256008 . Chr.7 : Asso:255766 , Asso:255822 , Asso:255846 , Asso:255857 , Asso:255861 , Asso:255882 , Asso:255888 . Chr.9 : Asso:255721 , Asso:256002 , Asso:256006 . Chr.15 : Asso:255728 , Asso:255731 , Asso:255739 , Asso:255756 , Asso:255758 , Asso:255769 , Asso:255778 , Asso:255800 , Asso:255812 , Asso:255816 , Asso:255877 , Asso:255898 , Asso:255899 , Asso:255918 , Asso:255934 , Asso:255937 , Asso:255951 , Asso:256009 . Chr.17 : Asso:255343 , Asso:255996 .
QTL for Body length reported for chromosome(s):
Chr.12 : Asso:255750 , Asso:255833 , Asso:255852 , Asso:255922 . Chr.13 : Asso:255357 , Asso:255724 , Asso:255726 , Asso:255729 , Asso:255736 , Asso:255737 , Asso:255740 , Asso:255741 , Asso:255744 , Asso:255751 , Asso:255753 , Asso:255755 , Asso:255760 , Asso:255761 , Asso:255762 , Asso:255763 , Asso:255765 , Asso:255770 , Asso:255773 , Asso:255775 , Asso:255780 , Asso:255787 , Asso:255788 , Asso:255789 , Asso:255793 , Asso:255794 , Asso:255799 , Asso:255808 , Asso:255810 , Asso:255811 , Asso:255813 , Asso:255818 , Asso:255820 , Asso:255824 , Asso:255826 , Asso:255828 , Asso:255830 , Asso:255832 , Asso:255834 , Asso:255838 , Asso:255839 , Asso:255841 , Asso:255845 , Asso:255847 , Asso:255850 , Asso:255851 , Asso:255853 , Asso:255855 , Asso:255864 , Asso:255869 , Asso:255871 , Asso:255874 , Asso:255875 , Asso:255878 , Asso:255879 , Asso:255883 , Asso:255885 , Asso:255889 , Asso:255893 , Asso:255894 , Asso:255897 , Asso:255901 , Asso:255904 , Asso:255908 , Asso:255909 , Asso:255910 , Asso:255912 , Asso:255914 , Asso:255920 , Asso:255921 , Asso:255923 , Asso:255926 , Asso:255935 , Asso:255936 , Asso:255938 , Asso:255940 , Asso:255944 , Asso:255945 , Asso:255946 , Asso:255948 , Asso:255950 , Asso:255952 , Asso:255960 , Asso:255965 , Asso:255966 , Asso:255967 , Asso:255973 , Asso:255975 , Asso:255983 , Asso:255985 , Asso:255990 , Asso:255991 , Asso:255993 , Asso:255994 , Asso:255997 , Asso:255999 , Asso:256004 .
QTL for Cannon bone circumference reported for chromosome(s):
Chr.4 : Asso:255980 . Chr.6 : Asso:255821 , Asso:255890 , Asso:255902 , Asso:255919 . Chr.12 : Asso:255745 , Asso:255959 , Asso:255971 , Asso:256005 . Chr.14 : Asso:255727 , Asso:255732 , Asso:255734 , Asso:255735 , Asso:255747 , Asso:255748 , Asso:255749 , Asso:255752 , Asso:255764 , Asso:255767 , Asso:255771 , Asso:255772 , Asso:255774 , Asso:255777 , Asso:255783 , Asso:255792 , Asso:255802 , Asso:255803 , Asso:255806 , Asso:255809 , Asso:255815 , Asso:255819 , Asso:255831 , Asso:255843 , Asso:255881 , Asso:255886 , Asso:255892 , Asso:255907 , Asso:255915 , Asso:255916 , Asso:255917 , Asso:255927 , Asso:255939 , Asso:255941 , Asso:255947 , Asso:255954 , Asso:255956 , Asso:255969 , Asso:255977 , Asso:255988 , Asso:255992 , Asso:256003 . Chr.16 : Asso:255842 . Chr.18 : Asso:255369 , Asso:255723 , Asso:255725 , Asso:255730 , Asso:255746 , Asso:255757 , Asso:255768 , Asso:255776 , Asso:255782 , Asso:255785 , Asso:255786 , Asso:255795 , Asso:255797 , Asso:255798 , Asso:255804 , Asso:255805 , Asso:255807 , Asso:255814 , Asso:255825 , Asso:255835 , Asso:255844 , Asso:255848 , Asso:255860 , Asso:255862 , Asso:255867 , Asso:255870 , Asso:255873 , Asso:255880 , Asso:255887 , Asso:255891 , Asso:255896 , Asso:255900 , Asso:255903 , Asso:255905 , Asso:255906 , Asso:255913 , Asso:255924 , Asso:255931 , Asso:255933 , Asso:255953 , Asso:255957 , Asso:255958 , Asso:255961 , Asso:255962 , Asso:255963 , Asso:255970 , Asso:255978 , Asso:256042 , Asso:256043 .
QTL for Rump circumference reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:255373 . Chr.2 : Asso:255656 , Asso:255700 . Chr.5 : Asso:255632 , Asso:255636 , Asso:255640 , Asso:255643 , Asso:255658 , Asso:255660 , Asso:255662 , Asso:255665 , Asso:255670 , Asso:255677 , Asso:255679 , Asso:255685 , Asso:255708 , Asso:255713 . Chr.13 : Asso:255633 , Asso:255634 , Asso:255635 , Asso:255637 , Asso:255638 , Asso:255639 , Asso:255641 , Asso:255642 , Asso:255644 , Asso:255645 , Asso:255647 , Asso:255648 , Asso:255651 , Asso:255652 , Asso:255653 , Asso:255655 , Asso:255657 , Asso:255659 , Asso:255661 , Asso:255664 , Asso:255666 , Asso:255667 , Asso:255668 , Asso:255671 , Asso:255672 , Asso:255673 , Asso:255676 , Asso:255678 , Asso:255681 , Asso:255682 , Asso:255684 , Asso:255686 , Asso:255687 , Asso:255688 , Asso:255690 , Asso:255692 , Asso:255693 , Asso:255695 , Asso:255696 , Asso:255697 , Asso:255698 , Asso:255699 , Asso:255701 , Asso:255702 , Asso:255703 , Asso:255704 , Asso:255705 , Asso:255706 , Asso:255707 , Asso:255709 , Asso:255711 , Asso:255712 , Asso:255715 , Asso:255716 , Asso:255717 , Asso:255719 , Asso:255720 . Chr.14 : Asso:255623 , Asso:255624 , Asso:255625 , Asso:255626 , Asso:255627 , Asso:255628 , Asso:255629 , Asso:255630 , Asso:255631 , Asso:255646 , Asso:255649 , Asso:255650 , Asso:255654 , Asso:255663 , Asso:255669 , Asso:255674 , Asso:255675 , Asso:255683 , Asso:255689 , Asso:255691 , Asso:255694 , Asso:255710 , Asso:255714 , Asso:255718 , Asso:256087 . Chr.15 : Asso:255680 , Asso:256086 .
QTL for Subcutaneous fat thickness reported for chromosome(s):
Chr.5 : Asso:255466 . Chr.8 : Asso:255467 , Asso:255468 , Asso:255469 , Asso:255470 , Asso:255471 , Asso:255472 , Asso:255473 , Asso:255474 , Asso:255475 , Asso:255476 , Asso:255477 , Asso:255478 , Asso:255479 , Asso:255480 , Asso:255481 , Asso:255482 , Asso:255483 , Asso:255484 , Asso:255485 , Asso:255486 , Asso:255487 , Asso:255488 , Asso:255489 , Asso:255490 , Asso:255491 , Asso:255492 , Asso:255493 , Asso:255494 , Asso:255495 , Asso:255496 , Asso:255497 , Asso:255498 , Asso:255499 , Asso:255500 , Asso:255501 , Asso:255502 , Asso:255503 , Asso:255504 , Asso:255505 , Asso:255506 , Asso:255507 , Asso:255508 , Asso:255509 , Asso:255510 , Asso:255511 , Asso:255512 , Asso:255513 , Asso:255514 , Asso:255515 , Asso:255516 , Asso:255517 , Asso:255518 , Asso:255519 , Asso:255520 , Asso:255522 , Asso:255523 , Asso:255524 , Asso:255525 , Asso:255526 , Asso:255527 , Asso:255528 , Asso:255529 , Asso:255530 , Asso:255531 , Asso:255532 , Asso:255533 , Asso:255534 , Asso:255535 , Asso:255536 , Asso:255537 , Asso:255538 , Asso:255539 , Asso:255540 , Asso:255541 , Asso:255542 , Asso:255543 , Asso:255544 , Asso:255545 , Asso:255546 , Asso:255547 , Asso:255548 , Asso:255549 , Asso:255550 , Asso:255551 , Asso:255552 , Asso:255553 , Asso:255554 , Asso:255555 , Asso:255556 , Asso:255557 , Asso:255558 , Asso:255559 , Asso:255560 , Asso:255561 , Asso:255562 , Asso:255563 , Asso:255564 , Asso:255565 , Asso:255566 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (40) ,
Chr.2 (4) ,
Chr.3 (2) ,
Chr.4 (7) ,
Chr.5 (78) ,
Chr.6 (19) ,
Chr.7 (9) ,
Chr.8 (106) ,
Chr.9 (4) ,
Chr.10 (5) ,
Chr.11 (106) ,
Chr.12 (10) ,
Chr.13 (164) ,
Chr.14 (69) ,
Chr.15 (111) ,
Chr.16 (2) ,
Chr.17 (2) ,
Chr.18 (49) .
Number of gene-based eQTL/associations: